ሜቲሊን ብሉ ለDNA እና RNA ማቅለም፦ በጄሎችና በሽፋኖች ላይ ያሉ አጠቃቀሞች

አንድ ተማሪ የአጋሮዝ ጄል ኤሌክትሮፎሬሲስ ያካሂዳል፣ በሜቲሊን ብሉ ያቀልመዋል፣ ነገር ግን ጎላ ያለ ባንድ ይታያል ብሎ በጠበቀበት ቦታ ምንም አያይም። በአጠገቡ ባለው የሥራ ቦታ፣ አንድ የድህረ ዶክትሬት ተመራማሪ ከዚያው ሰማያዊ ጠርሙስ በመጠቀም የNorthern ሽፋን ያቀልማል፣ በሦስት ደቂቃዎችም ግልጽ የራይቦሶም ባንዶችን ያገኛል። ተማሪው የጄሉ ሙከራ አልተሳካም ብሎ ይደምድማል። የጄሉ ሙከራ ግን አልከሸፈም። ሁለቱ ተግባራት የተለያዩ ነበሩ፤ አንድ ዓይነት ቀለምም ለእነሱ በተለያየ ስሜትነት፣ በተለያየ የዳራ ቀለምና ቀጥሎ ምን መደረግ እንዳለበት በሚወስኑ የተለያዩ ደንቦች መልስ ይሰጣል።

በሜቲሊን ብሉ DNA ማቅለምና RNA ማቅለም አንድ ዓይነት ኬሚስትሪ ይጋራሉ፣ ዓላማቸው ግን አንድ አይደለም። በጄል ውስጥ፣ ቀለሙ በቀዳዳማ ማትሪክስ ውስጥ ምን ያህል ኑክሊክ አሲድ እንዳለ ያሳያል። በሽፋን ላይ ደግሞ ማስተላለፉ መሥራቱንና በሌኖቹ ውስጥ እኩል መጠን ያለው ናሙና መጫኑን ያሳያል። ይህ ልዩነት ከተገለጸ በኋላ፣ ፕሮቶኮሎቹን፣ የማወቂያ ገደቦቹንና የተኳሃኝነት ገደቦቹን መረዳት ቀላል ይሆናል።

አጭር መልስ

ሜቲሊን ብሉ ጠፍጣፋ፣ አዎንታዊ ክፍያ ያለው ቀለም ነው። ወደ ፎስፌት በሚኖር ኤሌክትሮስታቲክ መሳሳብ፣ በቤዝ ጥንዶች መካከል በመሰግሰግና ከጠባቡ ጎድጎድ ጋር በመያያዝ በተቀላቀለ ሁኔታ ከኑክሊክ አሲዶች ጋር ኮቫለንት ያልሆነ፣ ተቀልባሽ ትስስር ይፈጥራል። ዋናው ነጥብ ይህ ተቀልባሽነት ነው። ባንዶችን አቅልመው በሚታይ ብርሃን ማየትና መመዝገብ፣ ከዚያም ቀለሙን ማስወገድ ወይም ለክሎኒንግ፣ ለሃይብሪዳይዜሽን ወይም በፕሮብ እንደገና ለመመርመር ማጽዳት ይቻላል።

ባለ ሁለት ክር DNA ያለበትን የአጋሮዝ ጄል በሜቲሊን ብሉ ለማቅለም፣ መደበኛው ፈጣን አዘገጃጀት በውሃ ውስጥ 0.02 percent w/v (በእያንዳንዱ mL 200 micrograms) ነው። ለ15 ደቂቃዎች ያህል ማቅለምና ለ15 ደቂቃዎች ያህል በውሃ ቀለሙን ማስወገድ ያስፈልጋል፤ ከዚያም በነጭ ብርሃን ሳጥን ላይ ይታያል። ለሽፋኖች፣ የተለመደው የNorthern ብሎት አዘገጃጀት በpH 5.2 አካባቢ ባለ ሶዲየም አሲቴት ውስጥ 0.02 እስከ 0.04 percent ቀለም ነው። ከማስተላለፍና ናሙናውን ከሽፋኑ ጋር ከማሰር በኋላ ለጥቂት ደቂቃዎች ይቀለማል፤ ከዚያ በውሃ ይለቀለቃል፣ ሃይብሪዳይዜሽን ከመደረጉም በፊት ቀለሙ ሙሉ በሙሉ ይወገዳል። ስሜትነቱ ውስን ነው፤ በጥሩ ሁኔታዎች ለእያንዳንዱ የጄል ባንድ ከአስርተኛዎች እስከ መቶዎች የሚደርስ ናኖግራም ያስፈልጋል፣ ወግ አጥባቂ መመሪያዎች ደግሞ 0.5 እስከ 1 microgram ይጠቅሳሉ። ይህ ከኤቲዲየም ብሮማይድና ከSYBR ቀለሞች የማወቂያ ገደብ በብዙ የአሥር እጥፍ ደረጃዎች ከፍ ያለ ነው። በሽፋኖች ላይ ለአንድ የተወሰነ ትራንስክሪፕት የሚጠቅም አንድ የማወቂያ ገደብ የለም፤ ምክንያቱም ቀለሙ በዋነኝነት በብዛት የሚገኝ የራይቦሶም RNA እና የተጫነውን አጠቃላይ ናሙና ያሳያል። በሁለቱም አዘገጃጀቶች ውስጥ በችርቻሮ የሚሸጥ የማሟያ ምርት መፍትሄን እንደ ምትክ አይጠቀሙ። ተረጋግጠው የተሰሩ ዘዴዎች የትንተና ደረጃ ያለው ቀለም፣ በግልጽ የተወሰኑ በፈሮችና RNA በሚካተትበት ጊዜ ከRNase ነፃ የሆነ አያያዝ እንደሚጠቀሙ ይገምታሉ።

ትስስሩ እንዴት እንደሚሠራና የት ሊያሳስት እንደሚችል

ጠቃሚው የማብራሪያ ሞዴል ሦስት ክፍሎች አሉት። በመጀመሪያ፣ አዎንታዊ ክፍያ ያለው የቀለበት ሥርዓት አሉታዊ ክፍያ ወዳለው የፎስፌት አጥንት ይሳባል። የስፔክትሮስኮፒ ጥናቶች የጨው መጠን ዝቅተኛ ሲሆን ይህ ኤሌክትሮስታቲክ አስተዋጽኦ ዋነኛ መሆኑን ያሳያሉ። ሞዴሊንግና የሞለኪውል ዳይናሚክስ ጥናቶች ደግሞ፣ ሜቲሊን ብሉ ከDNA ጋር ስለሚያደርገው ትስስር በተደረገ የስፔክትሮስኮፒ ጥናት እንደተጠቃለለው፣ በቤዝ ጥንዶች መካከል መሰግሰግና ከጠባቡ ጎድጎድ ጋር መያያዝ ለባለ ሁለት ክር DNA የተረጋጉ የትስስር ዓይነቶች መሆናቸውን ያሳያሉ። ሁለተኛ፣ ለGC የተወሰነ ምርጫ አለ። ሜቲሊን ብሉ በቤዝ ጥንዶች መካከል ሲሰገሰግ ስለሚያሳየው ምርጫ በተደረገ ሥራ፣ ሞዴሊንግ CpG እና GpC እርምጃዎችን ይመርጣል፣ ሙከራዎችም ከGC ብዛት ካላቸው ድርብ ክሮች ጋር የበለጠ መያያዝ እንዳለ ይዘግባሉ። ነገር ግን ከAT ድርብ ክሮች ጋርም ይያያዛል። መደበኛ ማቅለም ለተወሰነ ቅደም ተከተል ብቻ የተለየ አይደለም። ሦስተኛ፣ ባለ አንድ ክር DNA እና RNA በዋነኝነት በኤሌክትሮስታቲክ መሳሳብና ከተደራሽ ቤዞችና ድርብ ክር ክልሎች ጋር በመደራረብ ይያያዛሉ። የማቅለሙ ጥንካሬ እንደ ርዝመት፣ ቅደም ተከተልና ሁለተኛ ደረጃ መዋቅር የሚለያየው ለዚህ ነው።

ከዚህ ሁለት ውጤቶች ይከተላሉ። ትስስሩ ኮቫለንት ስላልሆነ፣ ቀለሙ በማጠብ ይወጣል። የፖሊአክሪላማይድ ባንዶች በተወሰነ መንገድ ቋሚ ካልተደረጉ በፍጥነት ይደበዝዛሉ። Soto እና Draper ለPAGE ጄሎች እንደገለጹት፣ ለቋሚ ማስቀመጥ የተዘጋጀ ልዩ የዘዴ ልዩነት ያለው መደበኛው ማቅለም ጊዜያዊ ስለሆነ ነው። ቀለሙ የብርሃን ምላሽ አነቃቂ ስለሆነ፣ ኦክስጅን ባለበት ሁኔታ የተቀለመ DNA ለረጅም ጊዜ ለጠንካራ ብርሃን ከተጋለጠ ጓኒንን ኦክሲዳይዝ ሊያደርግና በመጨረሻም በክሮቹ ላይ መቆረጥ ሊያስከትል ይችላል። ይህ ሂደት በሜቲሊን ብሉ ስለሚነቃቃ የጓኒን ኦክሲዴሽን በተደረገ ሥራ በዝርዝር ተገልጿል። ለአጭር ጊዜ በነጭ ብርሃን ማየት፣ በተለመዱ የኤቲዲየም ብሮማይድ ሂደቶች የሚደርሰውን የታወቀ የUV ጉዳት ያስቀራል፤ ይህም ለቀጣይ አጠቃቀም DNA በሚመለስበት ጊዜ እውነተኛ ጥቅም አለው። የሚታይ ብርሃን ጉዳቱ ያነሰ ነው እንጂ ጉዳት አልባ አይደለም። DNA ለክሎኒንግ የሚውል ከሆነ የብርሃን ተጋላጭነቱን አጭር ያድርጉ። ከዚህ ጥንቃቄ ጀርባ ስላለው ሰፊ ፎቶኬሚስትሪ፣ በሜቲሊን ብሉ ፎቶኬሚስትሪ ውስጥ ያሉትን ሁለት መንገዶች ይመልከቱ። ኦክሲዳይዝ የተደረገው ቅርጽ ለምን እንደሚያያዝና ሪዲዩስ የተደረገው ቅርጽ ለምን እንደማይያያዝ ስለሚያብራሩት የሬዶክስ ጥንድና የክፍያ ሁኔታዎች፣ የሜቲሊን ብሉ መዋቅርና ባህሪያት ኬሚስትሪን ይመልከቱ።

የመጀመሪያው ተግባር፦ በጄሎች ውስጥ ማቅለም

ጄል ማቅለም ለአንድ ጥያቄ መልስ ይሰጣል፦ በዚህ ባንድ ውስጥ በዓይን ለማየት የሚበቃ ኑክሊክ አሲድ አለ? በአጋሮዝ ውስጥ ያለ ባለ ሁለት ክር DNA ከሁሉ በተሻለ የተጠናው ሁኔታ ነው። የFlores እና ባልደረቦቹ የመጀመሪያው የሜቲሊን ብሉ ጄል ዘዴ፣ የ0.02 percent ፈጣን ፕሮቶኮልን በ1 percent አጋሮዝ ላይ አረጋግጧል፣ ከዚያ በኋላም DNAን መልሶ ማግኘትና ክሎኒንግ ማድረግ መሳካቱን አሳይቷል። ይህ የአቅራቢው ፕሮቶኮል በIBI Scientific የሜቲሊን ብሉ ምርት ገጽ ላይም ይገኛል፤ ገጹ የ0.04 percent የሽፋን አዘገጃጀትንና ፈጣኑን የጄል ዘዴ ጎን ለጎን ይዘረዝራል።

ተግባራዊ የሥራ ሂደት፦

1. የጄሉን ኤሌክትሮፎሬሲስ እንደተለመደው ያካሂዱ። ለተሻሻለ ዘዴ ማስተላለፍ ወይም የመለየት አቅም ካልተረጋገጠ በስተቀር፣ ኤሌክትሮፎሬሲስ ከተጠናቀቀ በኋላ እንጂ በሂደቱ ወቅት አያቅልሙ።
2. በተጣራ ውሃ በተዘጋጀ 0.02 percent w/v ሜቲሊን ብሉ ውስጥ ለ15 ደቂቃዎች ያህል ያጥልቁት፣ ቀስ ብለውም ያወዛውዙት።
3. ውሃውን ብዙ ጊዜ በመቀየር፣ የማትሪክሱ የዳራ ቀለም እስኪቀንስና ባንዶቹ ጎልተው እስኪታዩ ድረስ፣ በአጠቃላይ ለ15 ደቂቃዎች ያህል ቀለሙን ያስወግዱ።
4. በነጭ ብርሃን ማብሪያ ላይ ወዲያውኑ ፎቶ ያንሱ።

አጋሮዝና ፖሊአክሪላማይድ የተለየ ባህሪ ያሳያሉ። አጋሮዝ ቀለሙን በማትሪክሱ ውስጥ ይይዛል፣ ስለዚህ ቀለም ማስወገድ ቀስ ብሎ የሚካሄደው ደረጃ ነው። ቀጭን የፖሊአክሪላማይድ ጄሎች በፍጥነት ይቀለማሉ፣ ነገር ግን ቀለሙንም በፍጥነት ያጣሉ። ይህ ለቀጣይ አጠቃቀም ባንዶችን ቆርጦ ለማውጣት ይረዳል፣ የረጅም ጊዜ መዝገብ ለማስቀመጥ ግን አይመችም። በፖሊአክሪላማይድ ውስጥ ያሉ ሰው ሠራሽ ኦሊጎኑክሊዮታይዶችን፣ በተመሳሳይ የ0.02 percent አዘገጃጀት በ20 እስከ 30 ደቂቃዎች ውስጥ፣ በተደጋጋሚ በውሃ በማጠብ የሚገኙበትን ቦታ ማወቅ ይቻላል። ይህም የተመሠረቱ የCurrent Protocols ዓይነት PAGE ዘዴዎችን ይከተላል። ለቀጣይ አጠቃቀም የሚዘጋጁ ኦሊጎዎችን ለብዙ ሰዓታት ለማቅለም፣ በተበረዘ TBE ውስጥ ወደ 0.0002 percent የሚጠጉ እጅግ የተበረዙ የዘዴ ልዩነቶች ተዘግበዋል፣ ነገር ግን የማስረጃ መሠረታቸው ደካማ ነው።

በDNA እና RNA መካከል ያለው ልዩነት አስፈላጊ ነው። ባለ ሁለት ክር DNA ከሁሉ የጠነከረ መዋቅራዊ ትስስር ይሰጣል። RNA እና ባለ አንድ ክር DNA ይቀለማሉ፣ ነገር ግን ቀለማቸው ደካማና ለመገመት አስቸጋሪ ነው። ለፎርማልዲሃይድ አጋሮዝ RNA ጄሎች፣ አብዛኞቹ ላቦራቶሪዎች በጄሉ ውስጥ በሰማያዊ ቀለም ማቅለምን ይተዋሉ፤ RNAን መጀመሪያ ወደ ሽፋን ያስተላልፉና እዚያ ያቀልሙታል። ይህ ለውጥ ደካማውን የጄል ምልክት በግልጽ የሽፋን ምልክትና በናሙና ጭነት መዝገብ ይተካል።

ሁለተኛው ተግባር፦ በሽፋኖች ላይ ማቅለም

በሽፋን ላይ ማቅለም ለተለየ ጥያቄ መልስ ይሰጣል፦ ማስተላለፉ ሠርቷል? ሌኖቹስ ሊነጻጸሩ ይችላሉ? የተለመደው አጠቃቀም የHerrin እና Schmidt ተቀልባሽ የNorthern ብሎት ማቅለሚያ ዘዴ ነው። የመጀመሪያው አዘገጃጀት በpH 5.0 ባለ 50 mM ሶዲየም አሲቴት ውስጥ 0.04 percent ቀለም በመጠቀም ለ2 እስከ 3 ደቂቃዎች ማቅለምና በውሃ መለቅለቅ ነበር። ሃይብሪዳይዜሽን ከመደረጉ በፊት፣ ቀለሙን በSSPE ውስጥ ባለ የተበረዘ SDS ማስወገድ ይቻላል።

በስፋት ጥቅም ላይ የሚውለው ዘመናዊ የዘዴ ልዩነት እንደሚከተለው ይካሄዳል፦

1. RNA ወይም ድርብ ክሮቹ የተለዩ DNAን ወደ ናይሎን ወይም ናይትሮሴሉሎዝ ያስተላልፉ። ከዚያ ናሙናው በማቅለም ጊዜ እንዳይጠፋ፣ በUV አቋራጭ ትስስር ወይም በማሞቅ ከሽፋኑ ጋር ያስሩት።
2. አማራጭ ቢሆንም የተለመደ ደረጃ፦ ሽፋኑን በ5 percent አሴቲክ አሲድ ውስጥ ለ15 ደቂቃዎች ያህል ያርጥቡ።
3. በpH 5.2 አካባቢ ባለ 0.3 እስከ 0.5 M ሶዲየም አሲቴት ውስጥ በተዘጋጀ 0.02 እስከ 0.04 percent ሜቲሊን ብሉ ለ5 እስከ 10 ደቂቃዎች ያቅልሙ።
4. ለ5 እስከ 15 ደቂቃዎች በውሃ ይለቅልቁና ቀለሙን ያስወግዱ፣ ውጤቱን ይመዝግቡ፣ ከዚያም ሃይብሪዳይዜሽን ከመደረጉ በፊት ቀሪውን ቀለም ያስወግዱ።

በNorthern ሥራ ውስጥ አዎንታዊ ክፍያ ያለው ናይሎን በዋነኝነት ይጠቀማል። ናይትሮሴሉሎዝም በዚያው አሴቲክ አሲድና አሲቴት በሚጠቀም የሥራ ሂደት ይሠራል። ምስሉ ማስተላለፉን ለማረጋገጥ፣ 28S እና 18S ባንዶችን ለማነጻጸር (ወይም ለባክቴሪያ RNA፣ 23S እና 16S)፣ የመጠን መለኪያ መሰላሎችንና ስታንዳርዶችን ለምልክት ማድረግ፣ እንዲሁም የአጠቃላይ RNA መጠን ማመጣጠኛ ግምታዊ መዝገብ ለማስቀመጥ ይጠቅማል። የታተሙ የNorthern ዘዴዎች የናሙና ጭነትን ለመፈተሽ የተቀለሙ የራይቦሶም ባንዶችን ይለካሉ። ይህም በሜቲሊን ብሉ የተቀለሙ የራይቦሶም ባንዶችን ለማመጣጠን የተጠቀመ የወተት ሳይንስ ሥራን ያካትታል። የSouthern ሽፋኖችንም በተመሳሳይ መንገድ ማየት ይቻላል፣ ነገር ግን ቀለሙ በNorthern ውስጥ የናሙና ጭነትና ማስተላለፍ መፈተሻ ሆኖ የበለጠ የተመሠረተ ነው። በSouthern ውስጥ ያለው DNA ከመተላለፉ በፊት ድርብ ክሮቹ ስለሚለዩ፣ የጄል ስሜትነት መጠኖች እዚያ በቀጥታ አይተገበሩም።

የማወቂያ ገደቦችና የዳራ ቀለም፦ ሰማያዊው ቀለም የሚያንስበት ቦታ

ከዚህ በታች ያለው ንጽጽር ሆን ተብሎ ግምታዊ እንዲሆን ተዘጋጅቷል። የቀለም አፈጻጸም በጄሉ ፐርሰንት፣ በባንዱ ስፋት፣ በኦፕቲካል መሣሪያዎችና ቀለም ማስወገድ በሚካሄድበት ጥንቃቄ ላይ ይመረኮዛል። እያንዳንዱን ቁጥር እንደ መጠን ደረጃ ግምት እንጂ እንደ ተወሰነ መስፈርት አይውሰዱት።

የዳራ ቀለም ቁጥጥር ውስኑ ምልክት ጥቅም ላይ ሊውል መቻሉን ይወስናል። ነፃ ቀለም ጠንካራ ቀለም ስላለው፣ የባንዶች ግልጽነት የሚገኘው ያልተያያዘውን ቀለም በማስወገድ፣ የተያያዘውን ግን በመተው ነው። የበለጠ ክምችት ያለው ቀለም ስሜትነትን እምብዛም አይጨምርም። በዋነኝነት የቀለም ማስወገጃ ጊዜን ያራዝማል። በሚጠቀሙበት ትክክለኛ ጄል፣ ሽፋንና ካሜራ ላይ የብረዛ ተከታታይ ሙከራ ያካሂዱ፣ የተዋሃደው የምልክት ጥንካሬ ከግቤቱ መጠን ጋር በተመጣጣኝነት የሚቀጥልበትን ክልል ብቻ ይጠቀሙ። ሜቲሊን ብሉ በከፊል መጠናዊ የናሙና ጭነት ማመጣጠንን ይደግፋል። የሽፋን አቅም፣ የማስተላለፍ ብቃት፣ ሙሌትና ቀለም ማስወገድ ከሌን ወደ ሌን ስለሚለያዩ፣ ሰፊ የመለኪያ ክልል ያለው መጠናዊ ምርመራ አይደለም።

የተኳሃኝነት ገደቦች፦ ማቅለም በኋላ ምን ይቀጥላል?

በሰማያዊ ቀለም ከተቀለመ በኋላ ክሎኒንግ ማድረግ እንደሚቻል ታይቷል። Flores እና ባልደረቦቹ የተቀለሙ የአጋሮዝ ባንዶችን ቆርጠው አወጡ፣ DNAን መልሰው አገኙ፣ አያያዙትና ወደ ሕዋሳት አስገቡት። ከኤቲዲየም ብሮማይድና UV አጠቃቀም በኋላ ከሚገኘው ይልቅ የተሻለ የክሎኒንግ ውጤት እንዳገኙ ዘግበዋል። ሊሆን የሚችለው ምክንያት ከቀለሙ ራሱ የሚገኝ ጥቅም ሳይሆን፣ አነስተኛ የብርሃን ጉዳት ነው። የነጭ ብርሃን ተጋላጭነትን አጭር ያድርጉ፣ መልሰው ያገኙትን DNAም በመደበኛ የጄል ማውጣት የማጽዳት ሂደት ያሳልፉ።

ለPCR እና ለቅደም ተከተል ንባብ ያለው ማስረጃ ያነሰ ነው። ቀሪ ቀለም ከኑክሊክ አሲዶች ጋር ስለሚያያዝ፣ የኢንዛይም ደረጃዎች ከመካሄዳቸው በፊት ቀለሙን ያስወግዱና ናሙናውን ያጽዱ። ከሰማያዊ ጄል በአግባቡ የተጣራ DNA ይሠራል ተብሎ ይጠበቃል፣ ነገር ግን የተለያዩ ፖሊሜሬዞችና የቅደም ተከተል ንባብ ኬሚስትሪዎች በቀጥታ የሚተላለፍ ቀሪ ቀለምን ምን ያህል እንደሚቋቋሙ በደንብ አልተለካም። እንዲሁ ይሆናል ብለው አይገምቱ።

የብሎት ሃይብሪዳይዜሽን ቅደም ተከተሉ በጥብቅ ሲጠበቅ ተኳሃኝ ነው፦ ማስተላለፍ፣ ናሙናውን ማሰር፣ ማቅለም፣ መመዝገብ፣ ቀለም ማስወገድ፣ ሃይብሪዳይዜሽን ማድረግ። ይህ ቅደም ተከተል የHerrin እና Schmidt ንድፍ ነው። ከማስተላለፍ በፊት ማቅለም ወይም ቀለም ማስወገድን መዝለል የተለየ ዘዴ ነው፣ የራሱንም ማረጋገጫ ይፈልጋል። ቀለሙ ከተወገደ በኋላ፣ መደበኛ ፕሮብ ማስወገድና በፕሮብ እንደገና መመርመር እንደተለመደው ይቀጥላሉ። በዚያው የቀለም ቤተሰብ በሕዋስ ደረጃ ስለማቅለምና የቋሚ ፊልም አሠራር መርህ ለምን ወደ ሕያው ሕዋስ ዘዴዎች እንደማይተላለፍ፣ የማይክሮስኮፒ ማቅለም አትላስን ይመልከቱ።

የቋሚ ማስቀመጥ የዘዴ ልዩነት ከተወገደ፣ ባንድን ቆርጦ ማውጣት ለቀጣይ አጠቃቀም በሚዘጋጅ አጋሮዝ እና በሰማያዊ ቀለም የሚገኙበት ቦታ በተለየ የPAGE ኦሊጎዎች ላይ ይሠራል። ቀለሙን ካስወገዱ በኋላ በኤሌክትሪክ ናሙናውን ማውጣት፣ ተቀልባሽ ትስስር ለሚፈጥር ንጥረ ነገር ከኬሚስትሪ አንጻር ሊሠራ የሚችል ነው። ነገር ግን ለሜቲሊን ብሉ የተለዩ፣ በቁጥጥር የተለኩ የመልሶ ማግኘት መጠን መረጃዎች ጥቂት ናቸው። ናሙናውን ካወጡ በኋላ ጨውን ያስወግዱ ወይም ናሙናውን ያዝቅጡ።

በተደጋጋሚ የሚከሰቱ ችግሮች

ደብዛዛ የጄል ባንዶች ብዙውን ጊዜ ለቀለም መለኪያ ማቅለም የማይበቃ ክብደት እንዳለ ያመለክታሉ፣ በተለይ ለአጭር ባለ አንድ ክር ወይም RNA ዒላማዎች። ተጨማሪ ናሙና ይጫኑ፣ አዲስ ቀለም ይጠቀሙ፣ ክምችቱን ከመጨመርዎ በፊት የማቅለሚያ ጊዜውን ያራዝሙ፣ ቀለም ማስወገድንም ቀደም ብለው ያቁሙ። ባንዶች የማይለዩበት ሙሉ በሙሉ ሰማያዊ የሆነ ጄል ብዙውን ጊዜ ከመጠን በላይ መቀለምን ወይም ውሃው በቂ ጊዜ አለመቀየሩን ያመለክታል። የPAGE ባንዶች መደብዘዝ የሚጠበቅ ኬሚካላዊ ባህሪ ነው እንጂ ያልተሳካ ማቅለም አይደለም። ፎቶውን በፍጥነት ያንሱ። ወጥ ያልሆነ የሽፋን ዳራ ቀለም መጠፍጠፍን፣ አረፋዎችን፣ የጣት አሻራዎችን፣ ወጥ ያልሆነ ማወዛወዝን ወይም በቦታ በቦታ ብቻ የተካሄደ ማስተላለፍን ያመለክታል። የሃይብሪዳይዜሽን መቆጣጠሪያ ሳይኖር ይህን እንደ ያልተመጣጠነ የናሙና ጭነት አይተርጉሙት። የተሰራጨ፣ ደካማ የራይቦሶም ንድፍ መበላሸትን ሊያመለክት ይችላል፣ ነገር ግን ያልተሟላ ማስተላለፍ፣ እጅግ አነስተኛ አጠቃላይ RNA (የተለመዱ ሌኖች ከጥቂት እስከ አስርተኛዎች የሚደርስ ማይክሮግራም ይይዛሉ) ወይም ከመጠን በላይ ቀለም ማስወገድም ሊሆን ይችላል። ቀለሙ በብዛት የሚገኘውን የራይቦሶም RNA ያሳያል። የተወሰነ ትራንስክሪፕት አያሳይም። ያ ሥራ የፕሮቡ ነው።

ያለ ማጋነን ደህንነትና አያያዝ

ሜቲሊን ብሉን መያዝ ከኤቲዲየም ብሮማይድ ይልቅ ቀላል ነው፣ ነገር ግን ጉዳት አልባ አይደለም። የአሁኑ የMilliporeSigma የደህንነት መረጃ ሰነድ ቀለሙን በአፍ ሲወሰድ የአጣዳፊ መርዛማነት ምድብ 4፣ ከተዋጠ ጎጂ ብሎ ይመድባል። በSigma-Aldrich የሜቲሊን ብሉ SDS መሠረትም በተፈቀደ የቆሻሻ ማስወገጃ መንገድ መወገድ አለበት። ኤቲዲየም ብሮማይድ የበለጠ ጠንካራ የዘረመል ጉዳት ማስጠንቀቂያዎች አሉት፣ ይህም በSigma-Aldrich የኤቲዲየም ብሮማይድ SDS ውስጥ በመራቢያ ሕዋሳት ላይ የሚኖር ተጽእኖ እንደሚጠረጠር የሚገልጹትን ያካትታል። በThermo Fisher የኑክሊክ አሲድ ቀለም መመሪያ እንደተጠቀሰውም፣ ጄሎቹና መፍትሄዎቹ በተለምዶ እንደ አደገኛ ኬሚካላዊ ቆሻሻ ተለይተው ይቀመጣሉ። ለሁለቱም SDSንና የተቋሙን ደንቦች ይከተሉ። ደረቅ ቀለሙን በጥብቅ በተዘጋ ዕቃ ውስጥና በደረቅ ሁኔታ ያስቀምጡ፣ የሥራ ቀለሙን እንደገና ይጠቀሙበት ፕሮቶኮሉ በሚፈቅደው መጠን ብቻ፣ የተቀለሙ ሽፋኖችን በማጣሪያ ወረቀቶች መካከል በደረቅ ሁኔታ ያስቀምጡ፣ ባንዶቹ ተሰራጭተው ከመጥፋታቸው በፊትም የጄሎቹን ፎቶ ያንሱ።

በላቦራቶሪ ሥራ ላይ የሚጠቅመውን ይህን አረፍተ ነገር ያስታውሱ። ጄሎች ከፍተኛ የናሙና ጭነት ባለበት ሁኔታ በነጭ ብርሃን መታየትን ይፈትሻሉ። ሽፋኖች ደግሞ ፕሮቡ ከፍተኛ ስሜትነት ያለውን ሥራ ከመሥራቱ በፊት ማስተላለፍንና የናሙና ጭነትን ይፈትሻሉ። አንድ ቀለም ለሁለቱም ያገለግላል፣ ከውስን ስሜትነት፣ ከተቀልባሽ ትስስርና ከጥብቅ የአሠራር ቅደም ተከተል ጋር።