სტატია

მეთილენის ლურჯი დნმ-ისა და რნმ-ის შესაღებად: გამოყენება გელებსა და მემბრანებზე

მეთილენის ლურჯი დნმ-ისა და რნმ-ის შესაღებად: გამოყენება გელებსა და მემბრანებზე

სტუდენტი აგაროზის გელზე ელექტროფორეზს ატარებს, მეთილენის ლურჯით ღებავს და იქ, სადაც მკვეთრ ზოლს ელოდა, ვერაფერს ხედავს. მეზობელ სამუშაო უბანში პოსტდოქტორანტი იმავე ლურჯი ხსნარის ბოთლით ნორთერნის მემბრანას ღებავს და სამ წუთში მკაფიო რიბოსომულ ზოლებს იღებს. სტუდენტი ასკვნის, რომ გელზე ცდა წარუმატებელი იყო. სინამდვილეში გელზე ცდა არ ჩავარდნილა. ამ ორ შემთხვევაში ამოცანები განსხვავდებოდა და ერთი და იგივე საღებავი მათ განსხვავებული მგრძნობელობით, განსხვავებული ფონითა და შემდგომი მოქმედებების განსხვავებული წესებით პასუხობს.

დნმ-ისა და რნმ-ის მეთილენის ლურჯით შეღებვას საერთო ქიმია აქვს, მაგრამ მიზანი — არა. გელში საღებავი გვიჩვენებს, რამდენი ნუკლეინის მჟავაა ფოროვან მატრიცაში. მემბრანაზე კი გვიჩვენებს, წარმატებით მოხდა თუ არა გადატანა და თანაბრად ჩაიტვირთა თუ არა ნიმუშები ბილიკებში. როცა ეს განსხვავება ნათელია, პროტოკოლები, აღმოჩენის ზღვრები და თავსებადობის შეზღუდვებიც გასაგები ხდება.

მოკლე პასუხი

მეთილენის ლურჯი ბრტყელი კათიონური საღებავია, რომელიც ნუკლეინის მჟავებს არაკოვალენტურად და შექცევადად უკავშირდება: ფოსფატებთან ელექტროსტატიკური მიზიდვის, ფუძეთა წყვილებს შორის ინტერკალაციისა და მცირე ღართან ასოციაციის ერთობლიობით. მთავარი სწორედ ეს შექცევადობაა. ზოლების შეღებვა და აღრიცხვა შესაძლებელია ხილულ სინათლეზე, შემდეგ კი საღებავის მოცილება ან ნიმუშის გაწმენდა კლონირების, ჰიბრიდიზაციის ან ზონდით ხელახალი შემოწმებისთვის.

აგაროზის გელში ორჯაჭვიანი დნმ-ის მეთილენის ლურჯით შეღებვის სტანდარტული სწრაფი რეცეპტია 0.02 პროცენტი w/v (200 მიკროგრამი ყოველ mL-ზე) წყალში, შეღებვის დაახლოებით 15 წუთი და შემდეგ წყლით საღებავის მოცილების დაახლოებით 15 წუთი, თეთრი სინათლის სანათზე დათვალიერებით. მემბრანებისთვის ნორთერნ-ბლოტის კლასიკური რეცეპტია 0.02-დან 0.04 პროცენტამდე საღებავი ნატრიუმის აცეტატში, დაახლოებით pH 5.2-ზე, გადატანისა და იმობილიზაციის შემდეგ რამდენიმე წუთის განმავლობაში შეღებვა, შემდეგ წყლით გავლება და ჰიბრიდიზაციამდე საღებავის სრულად მოცილება. მგრძნობელობა ზომიერია: კარგ პირობებში გელის თითოეულ ზოლზე ათეულებიდან ასეულობით ნანოგრამამდე, ხოლო კონსერვატიული სახელმძღვანელოები 0.5-დან 1 მიკროგრამამდე მიუთითებს. ეს ეთიდიუმის ბრომიდისა და SYBR-ის საღებავების ზღვრებს სიდიდის რამდენიმე რიგით აღემატება. მემბრანებზე ცალკეული ტრანსკრიპტის აღმოჩენის ერთი გამოსადეგი ზღვარი არ არსებობს, რადგან შეღებვა ძირითადად უხვ რიბოსომულ რნმ-სა და მთლიან ჩატვირთულ მასალას აჩვენებს. არცერთ რეცეპტში არ ჩაანაცვლოთ საღებავი საცალო გაყიდვის საკვები დანამატის ხსნარით. ვალიდირებული მეთოდები გულისხმობს ანალიზური სისუფთავის საღებავს, განსაზღვრულ ბუფერებს და, რნმ-თან მუშაობისას, RNase-ისგან თავისუფალ პირობებს.

როგორ ხდება შეკავშირება და როდის შეიძლება მან შეცდომაში შეგვიყვანოს

გამოსადეგი მოდელი სამი ნაწილისგან შედგება. პირველი: დადებითად დამუხტული რგოლური სისტემა იზიდავს უარყოფითად დამუხტულ ფოსფატურ ჩონჩხს. სპექტროსკოპიული კვლევების მიხედვით, მარილის დაბალი კონცენტრაციისას ეს ელექტროსტატიკური კომპონენტი დომინირებს, ხოლო მოდელირება და მოლეკულური დინამიკა ორჯაჭვიან დნმ-ში ინტერკალაციასა და მცირე ღარში შეკავშირებას სტაბილურ რეჟიმებად განიხილავს, როგორც შეჯამებულია დნმ-თან მეთილენის ლურჯის შეკავშირების სპექტროსკოპიულ კვლევაში. მეორე: არსებობს GC-ის გარკვეული უპირატესობა — მოდელირება უპირატესობას ანიჭებს CpG და GpC საფეხურებს, ხოლო ექსპერიმენტები GC-ით მდიდარ დუპლექსებთან უპირატეს ასოციაციას აჩვენებს მეთილენის ლურჯის ინტერკალაციის უპირატესობების კვლევაში, თუმცა AT დუპლექსებიც უკავშირდება. ჩვეულებრივი შეღებვა თანმიმდევრობის სპეციფიკური არ არის. მესამე: ერთჯაჭვიანი დნმ და რნმ ძირითადად ელექტროსტატიკური ურთიერთქმედებითა და ხელმისაწვდომ ფუძეებთან და დუპლექსურ უბნებთან სტეკინგით უკავშირდება; ამიტომ შეღებვის ინტენსივობა სიგრძის, თანმიმდევრობისა და მეორეული სტრუქტურის მიხედვით იცვლება.

აქედან ორი შედეგი გამომდინარეობს. რადგან შეკავშირება არაკოვალენტურია, საღებავი გამოირეცხება. პოლიაკრილამიდის ზოლები სწრაფად ფერმკრთალდება, თუ განზრახ არ დაფიქსირდა; მუდმივი ფიქსაციის სპეციალური ვარიანტიც სწორედ იმიტომ არსებობს, რომ ჩვეულებრივი შეღებვა დროებითია, როგორც აღწერილია სოტოსა და დრეიპერის ნაშრომში PAGE გელების შესახებ. რადგან საღებავი ფოტოსენსიბილიზატორია, ჟანგბადის თანდასწრებით შეღებილი დნმ-ის ხანგრძლივმა და ძლიერმა განათებამ შეიძლება გუანინის დაჟანგვა და საბოლოოდ ჯაჭვებში ერთჯაჭვიანი წყვეტების წარმოქმნა გამოიწვიოს; ეს მექანიზმი დეტალურადაა განხილული მეთილენის ლურჯით სენსიბილიზებული გუანინის დაჟანგვის კვლევაში. თეთრ სინათლეზე ხანმოკლე დათვალიერება თავიდან გვაცილებს კლასიკური ეთიდიუმის ბრომიდის მეთოდებისთვის კარგად ცნობილ ულტრაიისფერ დაზიანებას და პრეპარატული გამოყოფისას ეს რეალური უპირატესობაა. ხილული სინათლე უფრო დამზოგველია, მაგრამ უვნებელი არ არის. თუ დნმ კლონირებისთვისაა განკუთვნილი, განათების დრო მოკლე უნდა იყოს. ამ სიფრთხილის საფუძვლად არსებული უფრო ფართო ფოტოქიმიის შესახებ იხილეთ მეთილენის ლურჯის ფოტოქიმიის ორი გზა. ჟანგვა-აღდგენითი წყვილისა და მუხტის მდგომარეობების შესახებ, რომლებიც ხსნის, რატომ უკავშირდება დაჟანგული ფორმა, აღდგენილი კი — არა, იხილეთ მეთილენის ლურჯის სტრუქტურისა და თვისებების ქიმია.

პირველი ამოცანა: შეღებვა გელებში

გელის შეღებვა ერთ კითხვას პასუხობს: არის თუ არა ამ ზოლში საკმარისი ნუკლეინის მჟავა შეუიარაღებელი თვალით დასანახად. ყველაზე კარგად შესწავლილი შემთხვევაა ორჯაჭვიანი დნმ აგაროზაში. ფლორესისა და კოლეგების მეთილენის ლურჯით გელის შეღებვის თავდაპირველმა მეთოდმა 1 პროცენტიან აგაროზაზე 0.02 პროცენტიანი სწრაფი პროტოკოლი დაადასტურა და აჩვენა, რომ შემდგომი გამოყოფა და კლონირება წარმატებული იყო. მომწოდებლის იგივე პროტოკოლი მოცემულია IBI Scientific-ის მეთილენის ლურჯის პროდუქტის გვერდზე, სადაც გვერდიგვერდაა წარმოდგენილი მემბრანის 0.04 პროცენტიანი რეცეპტი და გელის სწრაფი ვარიანტი.

პრაქტიკული სამუშაო პროცესი:

  1. გელზე ელექტროფორეზი ჩვეულებრივ ჩაატარეთ. შეღებეთ ელექტროფორეზის შემდეგ და არა მის დროს, თუ მოდიფიცირებული მეთოდისთვის გადატანა ან გარჩევადობა ვალიდირებული არ არის.
  2. ჩაალბეთ გამოხდილ წყალში მომზადებულ 0.02 პროცენტიან w/v მეთილენის ლურჯში, ნაზი შერხევით, დაახლოებით 15 წუთით.
  3. მოაცილეთ საღებავი წყლის რამდენჯერმე გამოცვლით, ჯამში დაახლოებით 15 წუთის განმავლობაში, სანამ მატრიცის ფონი შემცირდება და ზოლები გამოიკვეთება.
  4. დაუყოვნებლივ გადაიღეთ ფოტო თეთრი სინათლის სანათზე.

აგაროზა და პოლიაკრილამიდი განსხვავებულად იქცევა. აგაროზა საღებავს მატრიცაში აკავებს, ამიტომ ნელი ეტაპი საღებავის მოცილებაა. პოლიაკრილამიდის თხელი გელები სწრაფად იღებება, მაგრამ საღებავსაც სწრაფად კარგავს, რაც პრეპარატულ ამოჭრას ეხმარება, საარქივო ჩანაწერებისთვის კი არასასურველია. პოლიაკრილამიდში სინთეზური ოლიგონუკლეოტიდების მდებარეობის დადგენა იმავე 0.02 პროცენტიანი რეცეპტით შესაძლებელია 20-დან 30 წუთამდე, წყლით განმეორებითი რეცხვით, Current Protocols-ის ტიპის დამკვიდრებული PAGE მეთოდების შესაბამისად. აღწერილია პრეპარატული ოლიგონუკლეოტიდებისთვის რამდენიმე საათის განმავლობაში ძალიან განზავებული, დაახლოებით 0.0002 პროცენტიანი ვარიანტების გამოყენებაც განზავებულ TBE-ში, თუმცა მათი მტკიცებულებითი საფუძველი უფრო სუსტია.

მნიშვნელოვანია, დნმ-თან გვაქვს საქმე თუ რნმ-თან. ორჯაჭვიანი დნმ ყველაზე ძლიერ სტრუქტურირებულ შეკავშირებას იძლევა. რნმ და ერთჯაჭვიანი დნმ იღებება, მაგრამ უფრო სუსტად და ნაკლებად პროგნოზირებადად. ფორმალდეჰიდიან აგაროზის რნმ-ის გელებში ლაბორატორიების უმეტესობა გელში ლურჯად შეღებვას გამოტოვებს: ჯერ რნმ გადააქვს მემბრანაზე და შემდეგ იქ ღებავს. ამ გზით გელის სუსტი სიგნალი იცვლება მემბრანის უფრო მკაფიო სიგნალითა და ჩატვირთვის ჩანაწერით.

მეორე ამოცანა: შეღებვა მემბრანებზე

მემბრანის შეღებვა სხვა კითხვას პასუხობს: წარმატებით მოხდა თუ არა გადატანა და შედარებადია თუ არა ბილიკები. კლასიკური გამოყენებაა ჰერინისა და შმიდტის შექცევადი ნორთერნ-ბლოტის შეღებვა: თავდაპირველად 0.04 პროცენტიანი საღებავი 50 mM ნატრიუმის აცეტატში, pH 5.0-ზე, 2-დან 3 წუთამდე, წყლით გავლებით და ჰიბრიდიზაციამდე SSPE-ში განზავებული SDS-ით მოცილებით.

ფართოდ გამოყენებული თანამედროვე ვარიანტი ასეთია:

  1. გადაიტანეთ რნმ ან დენატურირებული დნმ ნეილონზე ან ნიტროცელულოზაზე, შემდეგ მოახდინეთ იმობილიზაცია ულტრაიისფერი ჯვარედინი შეკავშირებით ან გაცხელებით, რათა შეღებვისას ნიმუში არ დაიკარგოს.
  2. არასავალდებულო, მაგრამ გავრცელებული ეტაპი: დაასველეთ მემბრანა 5 პროცენტიან ძმარმჟავაში დაახლოებით 15 წუთით.
  3. ღებეთ 5-დან 10 წუთამდე 0.02-დან 0.04 პროცენტამდე მეთილენის ლურჯით, 0.3-დან 0.5 M-მდე ნატრიუმის აცეტატში, დაახლოებით pH 5.2-ზე.
  4. გაავლეთ და მოაცილეთ საღებავი წყალში 5-დან 15 წუთამდე, დააფიქსირეთ შედეგი, შემდეგ ჰიბრიდიზაციამდე მოაცილეთ დარჩენილი საღებავი.

ნორთერნის მეთოდებში ძირითადად დადებითად დამუხტული ნეილონი გამოიყენება. ნიტროცელულოზაც მუშაობს იმავე ძმარმჟავასა და აცეტატზე დაფუძნებული პროცესით. გამოსახულება გამოიყენება გადატანის დასადასტურებლად, 28S და 18S ზოლების შესადარებლად (ან ბაქტერიული რნმ-ისთვის 23S და 16S), მარკერებისა და სტანდარტების მოსანიშნად და მთლიანი რნმ-ის უხეში ნორმალიზაციის ჩანაწერის შესანახად. გამოქვეყნებული ნორთერნის მეთოდები ჩატვირთვის შესამოწმებლად შეღებილ რიბოსომულ ზოლებს რაოდენობრივად აფასებს; მათ შორისაა რძის პროდუქტების მეცნიერების კვლევა, სადაც გამოყენებული იყო მეთილენის ლურჯით შეღებილი რიბოსომული ზოლები ნორმალიზაციისთვის. საუზერნის მემბრანების ვიზუალიზაციაც იმავე გზით შეიძლება, თუმცა ეს საღებავი ბევრად უფრო დამკვიდრებულია ნორთერნის ჩატვირთვისა და გადატანის შესამოწმებლად; ამასთან, საუზერნის დნმ გადატანამდე დენატურირდება, ამიტომ გელისთვის მოცემული მგრძნობელობის მაჩვენებლები მასზე არ ვრცელდება.

გვერდიგვერდ მოცემული სამუშაო პროცესების სქემა, რომელიც გელისა და მემბრანის შეღებვას ადარებს. გელის გზა აჩვენებს ელექტროფორეზს, შეღებვას, საღებავის მოცილებასა და თეთრ სინათლეზე ფოტოგადაღებას. მემბრანის გზა აჩვენებს გადატანას, იმობილიზაციას, შეღებვას, შედეგის დაფიქსირებას, საღებავის მოცილებას და შემდეგ ჰიბრიდიზაციას. თითოეულ გზას ერთვის შენიშვნები აღმოჩენის ზღვრებისა და შექცევადობის შესახებ.

აღმოჩენის ზღვრები და ფონი: რაში ჩამორჩება ლურჯი

ქვემოთ მოცემული შედარება განზრახ მიახლოებითია. საღებავის ეფექტიანობა დამოკიდებულია გელის პროცენტულობაზე, ზოლის სიგანეზე, ოპტიკასა და საღებავის მოცილების სიზუსტეზე. თითოეული რიცხვი აღიქვით სიდიდის რიგად და არა სპეციფიკაციად.

საღებავი და ფორმატიაღმოჩენის მიახლოებითი ზღვარი თითო ზოლზეინტერპრეტაცია
მეთილენის ლურჯი, dsDNA აგაროზაში40-დან 250 ng-მდე ოპტიმიზებულ პირობებში; 0.5-დან 1 მიკროგრამამდე კონსერვატიული შეფასებითსაკმარისია პრეპარატული დატვირთვებისა და სასწავლო გელებისთვის. სუსტია კვალის დონეზე არსებული ზოლებისთვის.
მეთილენის ლურჯი, მოკლე ssDNA ან რნმ ან ოლიგონუკლეოტიდები PAGE-შიდაახლოებით 0.1-დან 0.5 მიკროგრამამდედამოკიდებულია სიგრძესა და სტრუქტურაზე. უნივერსალური ზღვარი არ არსებობს.
ეთიდიუმის ბრომიდი, dsDNA აგაროზაშიდაახლოებით 1-დან 10 ng-მდეფლორესის შედარებაში ოპტიმიზებულ ლურჯზე დაახლოებით ოთხჯერ უფრო მგრძნობიარეა. საჭიროებს ულტრაიისფერ სინათლეს.
SYBR Green I, dsDNAდაახლოებით 60 pgსაჭიროა ფლუორესცენტული გამოსახულების მიღება.
SYBR Gold, დნმ და რნმდაახლოებით 25 pgრამდენიმე ფორმატში ეთიდიუმის ბრომიდზე ათჯერ მეტად მგრძნობიარეა.
ვერცხლით შეღებვა, ნუკლეინის მჟავები PAGE-შიდაახლოებით 0.3-დან 0.9 ng-მდე; ლურჯიდან ვერცხლზე გადასვლის ოპტიმიზებულ თანმიმდევრობაში აღწერილია 100 pg რნმძალიან მგრძნობიარეა, მაგრამ ქიმიურად რთულია და გამოყოფისთვის ნაკლებად გამოსადეგია.
ტოლუიდინის ლურჯი, რნმ და ოლიგონუკლეოტიდები PAGE-შისამუშაო რაოდენობები ასეულობით ng-ის ფარგლებშია, დოკუმენტირებულია დაახლოებით 250 ngმეთილენის ლურჯის მსგავსად იყენებს ხილულ სინათლეს, მაგრამ SYBR-ის სპეციფიკაციებთან შესადარებელი სტანდარტიზებული ზღვარი არ აქვს.

ფონის კონტროლი განსაზღვრავს, გამოსადეგი იქნება თუ არა ზომიერი სიგნალი. თავისუფალ საღებავს ინტენსიური ფერი აქვს, ამიტომ კონტრასტი მიიღება შეუკავშირებელი საღებავის მოცილებით ისე, რომ შეკავშირებული საღებავი არ დაიკარგოს. უფრო კონცენტრირებული საღებავი მგრძნობელობას იშვიათად ზრდის. ძირითადად ის საღებავის მოცილების დროს ახანგრძლივებს. განზავებების სერია შეამოწმეთ ზუსტად იმ გელზე, მემბრანასა და კამერაზე, რომლებსაც იყენებთ, და გამოიყენეთ მხოლოდ დიაპაზონი, სადაც ინტეგრირებული სიმკვრივე შეტანილი რაოდენობის პროპორციული რჩება. მეთილენის ლურჯი ჩატვირთვის ნახევრად რაოდენობრივი ნორმალიზაციის საშუალებას იძლევა. ის არ არის მაღალი დინამიკური დიაპაზონის რაოდენობრივი ანალიზი, რადგან მემბრანის ტევადობა, გადატანის ეფექტიანობა, გაჯერება და საღებავის მოცილება ბილიკიდან ბილიკამდე იცვლება.

თავსებადობის შეზღუდვები: რა რჩება გამოსადეგი შეღებვის შემდეგ

ლურჯით შეღებვის შემდეგ კლონირების შესაძლებლობა ნაჩვენებია. ფლორესმა და კოლეგებმა აგაროზიდან ამოჭრეს შეღებილი ზოლები, გამოყვეს დნმ, ჩაატარეს ლიგირება და ტრანსფორმაცია და განაცხადეს, რომ კლონირება უკეთესი იყო, ვიდრე ეთიდიუმის ბრომიდით შეღებვისა და ულტრაიისფერი განათების შემდეგ. სავარაუდო მიზეზი ნაკლები ფოტოდაზიანებაა და არა თავად საღებავის სარგებელი. თეთრი სინათლის ზემოქმედება ხანმოკლე უნდა იყოს, ხოლო გამოყოფილი დნმ გელიდან ექსტრაქციის ჩვეულებრივი გაწმენდის ეტაპით უნდა გაიწმინდოს.

PCR-სა და სეკვენირებას უფრო მწირი მტკიცებულებები აქვს. დარჩენილი საღებავი ნუკლეინის მჟავებს უკავშირდება, ამიტომ ფერმენტულ ეტაპებამდე მოაცილეთ საღებავი და გაასუფთავეთ ნიმუში. მოსალოდნელია, რომ ლურჯი გელიდან სათანადოდ გაწმენდილი დნმ იმუშავებს, მაგრამ სხვადასხვა პოლიმერაზისა და სეკვენირების ქიმიის მიერ უშუალოდ გადაყოლილი საღებავის ატანის ზღვარი კარგად არ არის რაოდენობრივად შეფასებული. ნუ ჩათვლით ამას გარანტირებულად.

ბლოტის ჰიბრიდიზაცია თავსებადია, როცა თანმიმდევრობა მკაცრადაა დაცული: გადატანა, იმობილიზაცია, შეღებვა, შედეგის დაფიქსირება, საღებავის მოცილება, ჰიბრიდიზაცია. ეს თანმიმდევრობა ჰერინისა და შმიდტის მეთოდის საფუძველია. გადატანამდე შეღებვა ან საღებავის მოცილების გამოტოვება უკვე სხვა მეთოდია და ცალკე ვალიდაციას საჭიროებს. საღებავის მოცილების შემდეგ ზონდის სტანდარტული ჩამოცილება და ხელახალი ზონდირება ჩვეულებრივ მიმდინარეობს. იმავე საღებავების ოჯახის გამოყენებით უჯრედულ დონეზე შეღებვისა და იმის შესახებ, რატომ არ ვრცელდება ფიქსირებული პრეპარატის მიდგომა ცოცხალი უჯრედების მეთოდებზე, იხილეთ მიკროსკოპიული შეღებვის ატლასი.

ზოლების ამოჭრა გამოსადეგია პრეპარატული აგაროზისთვის და ლურჯით ლოკალიზებული PAGE ოლიგონუკლეოტიდებისთვის, თუ მუდმივი ფიქსაციის ვარიანტი არ გამოიყენება. საღებავის მოცილების შემდეგ ელექტროელუცია ქიმიურად დასაშვებია შექცევადი შემკავშირებლისთვის, თუმცა უშუალოდ მეთილენის ლურჯის შემთხვევაში გამოსავლიანობის კონტროლირებული მონაცემები მწირია. ელუციის შემდეგ მოაცილეთ მარილები ან ჩაატარეთ დალექვა.

განმეორებადი პრობლემები

გელზე მკრთალი ზოლები ჩვეულებრივ ნიშნავს, რომ კოლორიმეტრული შეღებვისთვის მასა ძალიან მცირეა, განსაკუთრებით მოკლე ერთჯაჭვიანი სამიზნეების ან რნმ-ის შემთხვევაში. ჩატვირთეთ მეტი, გამოიყენეთ ახალი საღებავი, კონცენტრაციის გაზრდამდე გაახანგრძლივეთ შეღებვა და საღებავის მოცილება უფრო ადრე შეწყვიტეთ. მთლიანად ლურჯი გელი კონტრასტის გარეშე ჩვეულებრივ ზედმეტ შეღებვას ან წყლის არასაკმარისად ხშირ გამოცვლას ნიშნავს. PAGE ზოლების გაფერმკრთალება მოსალოდნელი ქიმიური მოვლენაა და არა წარუმატებელი შეღებვა. ფოტო სწრაფად გადაიღეთ. მემბრანის არათანაბარი ფონი მიუთითებს ნაკეცებზე, ბუშტებზე, თითის ანაბეჭდებზე, არათანაბარ შერხევაზე ან უბნებად არათანაბარ გადატანაზე. ჰიბრიდიზაციის საკონტროლო მონაცემის გარეშე ამას არათანაბარ ჩატვირთვად ნუ მიიჩნევთ. გაბუნდოვნებული, სუსტი რიბოსომული სურათი შეიძლება დეგრადაციას ნიშნავდეს, მაგრამ ასევე არასრულ გადატანას, მთლიანი რნმ-ის ძალიან მცირე რაოდენობას (ტიპურ ბილიკებში რამდენიმე მიკროგრამიდან ათეულობით მიკროგრამამდე იტვირთება) ან საღებავის გადაჭარბებულ მოცილებას. საღებავი უხვ რიბოსომულ რნმ-ს აჩვენებს. ის კონკრეტულ ტრანსკრიპტს არ აჩვენებს. ეს ზონდის ამოცანაა.

უსაფრთხოება და მოპყრობა გადაჭარბებული განცხადებების გარეშე

მეთილენის ლურჯთან მოპყრობა ეთიდიუმის ბრომიდთან შედარებით მარტივია, მაგრამ ის უვნებელი არ არის. MilliporeSigma-ს მოქმედი უსაფრთხოების მონაცემთა ფურცელი საღებავს პერორალური მწვავე ტოქსიკურობის 4 კატეგორიას მიაკუთვნებს: გადაყლაპვისას მავნეა და უნდა განადგურდეს ნარჩენების დამუშავების დამტკიცებული გზით, Sigma-Aldrich-ის მეთილენის ლურჯის SDS-ის შესაბამისად. ეთიდიუმის ბრომიდს გენოტოქსიკურობის უფრო მკაცრი გაფრთხილებები აქვს, მათ შორის სასქესო უჯრედებზე სავარაუდო ზემოქმედება მის Sigma-Aldrich-ის ეთიდიუმის ბრომიდის SDS-ში, ხოლო მისი გელები და ხსნარები ჩვეულებრივ ცალკე გროვდება, როგორც სახიფათო ქიმიური ნარჩენები, როგორც აღნიშნულია Thermo Fisher-ის ნუკლეინის მჟავების საღებავების სახელმძღვანელოში. ორივეს შემთხვევაში დაიცავით SDS და დაწესებულების წესები. მშრალი საღებავი შეინახეთ მჭიდროდ დახურულ ჭურჭელში, მშრალად; სამუშაო საღებავი ხელახლა გამოიყენეთ მხოლოდ იმდენად, რამდენადაც პროტოკოლი იძლევა ამის საშუალებას; შეღებილი მემბრანები მშრალად შეინახეთ ფილტრის ფურცლებს შორის და გელებს ფოტო გადაუღეთ, სანამ ზოლები დიფუზიით გაიფანტება.

გახსოვდეთ სამუშაო მაგიდასთან გამოსადეგი მოკლე შეჯამება. გელები მაღალი დატვირთვისას, თეთრ სინათლეზე ხილვადობას ამოწმებს. მემბრანები გადატანასა და ჩატვირთვას ამოწმებს, სანამ ზონდი მაღალი მგრძნობელობის სამუშაოს შეასრულებს. ერთი საღებავი ორივე ამოცანას ემსახურება — ზომიერი მგრძნობელობით, შექცევადი შეკავშირებითა და მოქმედებების მკაცრი თანმიმდევრობით.