DNA ಮತ್ತು RNA ರಂಜನೆಗೆ ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ: ಜೆಲ್ ಮತ್ತು ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಅನ್ವಯಗಳು

ಒಬ್ಬ ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿ ಅಗರೋಸ್ ಜೆಲ್‌ನಲ್ಲಿ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೊರೆಸಿಸ್ ನಡೆಸಿ, ಅದನ್ನು ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಬಳಸಿ ರಂಜಿಸುತ್ತಾನೆ. ಸ್ಪಷ್ಟವಾದ ಪಟ್ಟಿಯನ್ನು ನಿರೀಕ್ಷಿಸಿದ್ದ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಏನೂ ಕಾಣಿಸುವುದಿಲ್ಲ. ಪಕ್ಕದ ಕಾರ್ಯಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ, ಪೋಸ್ಟ್‌ಡಾಕ್ಟರಲ್ ಸಂಶೋಧಕರೊಬ್ಬರು ಅದೇ ನೀಲಿ ರಂಜಕದ ಬಾಟಲಿಯಿಂದ ನಾರ್ದರ್ನ್ ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಅನ್ನು ರಂಜಿಸಿ, ಮೂರು ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ ಸ್ಪಷ್ಟವಾದ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಪಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ಪಡೆಯುತ್ತಾರೆ. ಜೆಲ್ ವಿಫಲವಾಗಿದೆ ಎಂದು ವಿದ್ಯಾರ್ಥಿ ತೀರ್ಮಾನಿಸುತ್ತಾನೆ. ಜೆಲ್ ವಿಫಲವಾಗಿಲ್ಲ. ಆ ಎರಡು ಕಾರ್ಯಗಳು ಬೇರೆಬೇರೆಯಾಗಿದ್ದವು; ಒಂದೇ ರಂಜಕವು ಅವುಗಳಿಗೆ ವಿಭಿನ್ನ ಸಂವೇದನಾಶೀಲತೆ, ವಿಭಿನ್ನ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಮತ್ತು ಮುಂದಿನ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಿಗೆ ವಿಭಿನ್ನ ನಿಯಮಗಳ ಮೂಲಕ ಉತ್ತರ ನೀಡುತ್ತದೆ.

ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಬಳಸಿ DNA ರಂಜನೆ ಮತ್ತು ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಬಳಸಿ RNA ರಂಜನೆ ಒಂದೇ ರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರವನ್ನು ಹಂಚಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ಅವುಗಳ ಉದ್ದೇಶ ಒಂದೇ ಅಲ್ಲ. ಜೆಲ್‌ನಲ್ಲಿ, ರಂಧ್ರಯುಕ್ತ ಮಾಧ್ಯಮದೊಳಗೆ ಎಷ್ಟು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲವಿದೆ ಎಂಬುದನ್ನು ರಂಜಕ ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಮೇಲೆ, ವರ್ಗಾವಣೆ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿದೆಯೇ ಮತ್ತು ಲೇನ್‌ಗಳಿಗೆ ಸಮಾನವಾಗಿ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ತುಂಬಲಾಗಿದೆಯೇ ಎಂಬುದನ್ನು ಅದು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ವ್ಯತ್ಯಾಸ ಸ್ಪಷ್ಟವಾದಾಗ, ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳು, ಪತ್ತೆ ಮಿತಿಗಳು ಮತ್ತು ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಮಿತಿಗಳು ಅರ್ಥವಾಗುತ್ತವೆ.

ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತ ಉತ್ತರ

ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಸಮತಲ ರಚನೆಯ ಧನಾಯನಿಕ ರಂಜಕ. ಫಾಸ್ಫೇಟ್‌ನೊಂದಿಗಿನ ಸ್ಥಿರವಿದ್ಯುತ್ ಆಕರ್ಷಣೆ, ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳ ನಡುವೆ ಸೇರಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಸಣ್ಣ ಕಂದಕದೊಂದಿಗಿನ ಸಂಬಂಧದ ಸಂಯೋಜನೆಯ ಮೂಲಕ ಇದು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳಿಗೆ ಅಸಹಸಂಯೋಜಕವಾಗಿ ಮತ್ತು ಹಿಂತಿರುಗಿಸಬಹುದಾದ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಹಿಂತಿರುಗಿಸಬಹುದಾದ ಸ್ವಭಾವವೇ ಮುಖ್ಯ. ಪಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ರಂಜಿಸಿ ದೃಶ್ಯಬೆಳಕಿನಲ್ಲಿ ನೋಡಿ, ದಾಖಲಿಸಿ, ನಂತರ ಕ್ಲೋನಿಂಗ್, ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ಅಥವಾ ಮರುಪ್ರೋಬಿಂಗ್‌ಗಾಗಿ ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಬಹುದು ಅಥವಾ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಬಹುದು.

ದ್ವಿತಂತು DNA ಇರುವ ಅಗರೋಸ್ ಜೆಲ್ ಅನ್ನು ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಮೂಲಕ ರಂಜಿಸಲು, ನೀರಿನಲ್ಲಿ 0.02 percent w/v (ಪ್ರತಿ mL ಗೆ 200 micrograms) ಬಳಸುವುದು ಪ್ರಮಾಣಿತ ತ್ವರಿತ ವಿಧಾನ. ಸುಮಾರು 15 ನಿಮಿಷ ರಂಜಿಸಿ, ನಂತರ ಸುಮಾರು 15 ನಿಮಿಷ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಿ, ಬಿಳಿ ಬೆಳಕಿನ ಪೆಟ್ಟಿಗೆಯ ಮೇಲೆ ವೀಕ್ಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಮೆಂಬ್ರೇನ್‌ಗಳಿಗೆ ಬಳಸುವ ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ನಾರ್ದರ್ನ್ ಬ್ಲಾಟ್ ವಿಧಾನದಲ್ಲಿ, ಸುಮಾರು pH 5.2 ಇರುವ ಸೋಡಿಯಂ ಅಸಿಟೇಟ್‌ನಲ್ಲಿ 0.02 ರಿಂದ 0.04 percent ರಂಜಕ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ವರ್ಗಾವಣೆ ಮತ್ತು ಸ್ಥಿರೀಕರಣದ ನಂತರ ಕೆಲವು ನಿಮಿಷ ರಂಜಿಸಿ, ನೀರಿನಲ್ಲಿ ತೊಳೆದು, ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್‌ಗೆ ಮುನ್ನ ರಂಜಕವನ್ನು ಸಂಪೂರ್ಣವಾಗಿ ತೆಗೆದುಹಾಕಲಾಗುತ್ತದೆ. ಸಂವೇದನಾಶೀಲತೆ ಸಾಧಾರಣ: ಉತ್ತಮ ಪರಿಸ್ಥಿತಿಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿ ಜೆಲ್ ಪಟ್ಟಿಗೆ ಹತ್ತಾರುಗಳಿಂದ ನೂರಾರು nanograms; ಎಚ್ಚರಿಕೆಯ ಅಂದಾಜು ನೀಡುವ ಮಾರ್ಗದರ್ಶಿಗಳು 0.5 ರಿಂದ 1 microgram ಎಂದು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ. ಇದು ಎಥಿಡಿಯಮ್ ಬ್ರೋಮೈಡ್ ಮತ್ತು SYBR ರಂಜಕಗಳಿಗಿಂತ ಹಲವು ಪ್ರಮಾಣಕ್ರಮಗಳಷ್ಟು ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಮಾಣ. ಮೆಂಬ್ರೇನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ, ಪ್ರತ್ಯೇಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್‌ಗೆ ಉಪಯುಕ್ತವಾದ ಒಂದೇ ಪತ್ತೆ ಮಿತಿ ಇಲ್ಲ; ಏಕೆಂದರೆ ರಂಜಕವು ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿರುವ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ RNA ಮತ್ತು ತುಂಬಲಾದ ಒಟ್ಟು ವಸ್ತುವನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಎರಡೂ ವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ಚಿಲ್ಲರೆ ಮಾರಾಟದ ಪೂರಕ ದ್ರಾವಣವನ್ನು ಬದಲಿಯಾಗಿ ಬಳಸಬೇಡಿ. ದೃಢೀಕೃತ ವಿಧಾನಗಳು ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ದರ್ಜೆಯ ರಂಜಕ, ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಬಫರ್‌ಗಳು ಮತ್ತು RNA ಒಳಗೊಂಡಿರುವಾಗ RNase-ಮುಕ್ತ ನಿರ್ವಹಣೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿವೆ.

ಬಂಧನ ಹೇಗೆ ನಡೆಯುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಎಲ್ಲಿ ತಪ್ಪು ಕಲ್ಪನೆಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತದೆ

ಉಪಯುಕ್ತ ವಿವರಣಾ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ ಮೂರು ಭಾಗಗಳಿವೆ. ಮೊದಲನೆಯದಾಗಿ, ಧನ ವಿದ್ಯುದಾವೇಶ ಹೊಂದಿರುವ ಉಂಗುರ ರಚನೆಯು ಋಣ ವಿದ್ಯುದಾವೇಶದ ಫಾಸ್ಫೇಟ್ ಬೆನ್ನೆಲುಬಿಗೆ ಆಕರ್ಷಿತವಾಗುತ್ತದೆ. ಕಡಿಮೆ ಲವಣ ಸಾಂದ್ರತೆಯಲ್ಲಿ ಈ ಸ್ಥಿರವಿದ್ಯುತ್ ಅಂಶವೇ ಪ್ರಧಾನ ಎಂದು ವರ್ಣಪಟಲ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ತಿಳಿಸುತ್ತವೆ. ಅದೇ ವೇಳೆ, ಮಾದರೀಕರಣ ಮತ್ತು ಆಣ್ವಿಕ ಗತಿಶಾಸ್ತ್ರ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ದ್ವಿತಂತು DNA ಗೆ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳ ನಡುವೆ ಸೇರಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಸಣ್ಣ ಕಂದಕದ ಬಂಧನವನ್ನು ಸ್ಥಿರ ಬಂಧನ ವಿಧಾನಗಳೆಂದು ಗುರುತಿಸುತ್ತವೆ; ಇದನ್ನು ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ–DNA ಬಂಧನದ ವರ್ಣಪಟಲ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಸಂಕ್ಷಿಪ್ತವಾಗಿ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಎರಡನೆಯದಾಗಿ, GC ಗೆ ಸ್ವಲ್ಪ ಆದ್ಯತೆ ಇದೆ. ಮಾದರೀಕರಣವು CpG ಮತ್ತು GpC ಕ್ರಮಗಳಿಗೆ ಆದ್ಯತೆ ತೋರಿಸುತ್ತದೆ; ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಬೇಸ್ ಜೋಡಿಗಳ ನಡುವೆ ಸೇರಿಕೊಳ್ಳುವ ಆದ್ಯತೆಗಳ ಕುರಿತ ಪ್ರಯೋಗಗಳು GC-ಸಮೃದ್ಧ ದ್ವಿತಂತುಗಳೊಂದಿಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡುತ್ತವೆ. ಆದರೆ AT ದ್ವಿತಂತುಗಳೂ ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ. ಸಾಮಾನ್ಯ ರಂಜನೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಸೀಮಿತವಾಗಿರುವುದಿಲ್ಲ. ಮೂರನೆಯದಾಗಿ, ಏಕತಂತು DNA ಮತ್ತು RNA ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಸ್ಥಿರವಿದ್ಯುತ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳು ಹಾಗೂ ಲಭ್ಯ ಬೇಸ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ದ್ವಿತಂತು ಪ್ರದೇಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಸ್ಟ್ಯಾಕಿಂಗ್ ಮೂಲಕ ಬಂಧಿಸುತ್ತವೆ. ಆದ್ದರಿಂದ ರಂಜನೆಯ ತೀವ್ರತೆ ಉದ್ದ, ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ದ್ವಿತೀಯ ರಚನೆಗೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿ ಬದಲಾಗುತ್ತದೆ.

ಇದರಿಂದ ಎರಡು ಪರಿಣಾಮಗಳು ಉಂಟಾಗುತ್ತವೆ. ಬಂಧನವು ಅಸಹಸಂಯೋಜಕವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ತೊಳೆಯುವಾಗ ರಂಜಕ ಹೊರಹೋಗುತ್ತದೆ. ಉದ್ದೇಶಪೂರ್ವಕವಾಗಿ ಸ್ಥಿರೀಕರಿಸದಿದ್ದರೆ ಪಾಲಿಅಕ್ರಿಲಮೈಡ್ ಪಟ್ಟಿಗಳು ಬೇಗ ಮಸುಕಾಗುತ್ತವೆ. ಸಾಮಾನ್ಯ ರಂಜನೆ ತಾತ್ಕಾಲಿಕವಾಗಿರುವುದರಿಂದಲೇ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಶಾಶ್ವತ ಸ್ಥಿರೀಕರಣ ವಿಧಾನವಿದೆ; ಇದನ್ನು PAGE ಜೆಲ್‌ಗಳಿಗಾಗಿ Soto ಮತ್ತು Draper ವಿವರಿಸಿದ್ದಾರೆ. ರಂಜಕವು ಬೆಳಕುಸಂವೇದಕವಾಗಿರುವುದರಿಂದ, ಆಮ್ಲಜನಕದ ಉಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ರಂಜಿತ DNA ಮೇಲೆ ದೀರ್ಘಕಾಲ ತೀವ್ರ ಬೆಳಕು ಬಿದ್ದರೆ ಗ್ವಾನಿನ್ ಆಕ್ಸಿಡೀಕರಣಗೊಂಡು, ಅಂತಿಮವಾಗಿ ತಂತುಗಳಲ್ಲಿ ಕಿರುಛೇದಗಳು ಉಂಟಾಗಬಹುದು. ಈ ಕ್ರಿಯಾವಿಧಾನವನ್ನು ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಮೂಲಕ ಸಂವೇದಿತವಾದ ಗ್ವಾನಿನ್ ಆಕ್ಸಿಡೀಕರಣದ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ವಿವರಿಸಲಾಗಿದೆ. ಅಲ್ಪಕಾಲ ಬಿಳಿ ಬೆಳಕಿನಲ್ಲಿ ವೀಕ್ಷಿಸುವುದರಿಂದ ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಎಥಿಡಿಯಮ್ ಬ್ರೋಮೈಡ್ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳಲ್ಲಿ ತಿಳಿದಿರುವ UV ಹಾನಿಯನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಬಹುದು; ಸಿದ್ಧತಾ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ DNA ಮರುಪಡೆಯುವಾಗ ಇದು ನಿಜವಾದ ಅನುಕೂಲ. ದೃಶ್ಯಬೆಳಕು ಕಡಿಮೆ ಹಾನಿಕಾರಕ, ಆದರೆ ಹಾನಿರಹಿತವಲ್ಲ. DNA ಯನ್ನು ಕ್ಲೋನ್ ಮಾಡಬೇಕಾದಾಗ ಬೆಳಕಿಗೆ ಒಡ್ಡುವ ಸಮಯವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಇಡಿ. ಈ ಎಚ್ಚರಿಕೆಯ ಹಿಂದಿರುವ ವಿಶಾಲ ಬೆಳಕು-ರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರಕ್ಕಾಗಿ, ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಬೆಳಕು-ರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರದ ಎರಡು ಮಾರ್ಗಗಳನ್ನು ನೋಡಿ. ಆಕ್ಸಿಡೀಕೃತ ರೂಪವು ಏಕೆ ಬಂಧಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಅಪಚಯಿತ ರೂಪವು ಏಕೆ ಬಂಧಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಎಂಬುದನ್ನು ವಿವರಿಸುವ ರೆಡಾಕ್ಸ್ ಜೋಡಿ ಮತ್ತು ವಿದ್ಯುದಾವೇಶ ಸ್ಥಿತಿಗಳಿಗಾಗಿ, ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ರಸಾಯನಶಾಸ್ತ್ರವನ್ನು ನೋಡಿ.

ಮೊದಲ ಕಾರ್ಯ: ಜೆಲ್‌ಗಳ ಒಳಗೆ ರಂಜನೆ

ಜೆಲ್ ರಂಜನೆ ಒಂದೇ ಪ್ರಶ್ನೆಗೆ ಉತ್ತರಿಸುತ್ತದೆ: ಈ ಪಟ್ಟಿಯಲ್ಲಿ ಕಣ್ಣಿಗೆ ಕಾಣುವಷ್ಟು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲವಿದೆಯೇ? ಅಗರೋಸ್‌ನಲ್ಲಿರುವ ದ್ವಿತಂತು DNA ಅತ್ಯುತ್ತಮವಾಗಿ ಅಧ್ಯಯನಗೊಂಡ ಉದಾಹರಣೆ. Flores ಮತ್ತು ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಗಳ ಮೂಲ ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಜೆಲ್ ವಿಧಾನವು 1 percent ಅಗರೋಸ್‌ನಲ್ಲಿ 0.02 percent ತ್ವರಿತ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನವನ್ನು ದೃಢೀಕರಿಸಿತು ಮತ್ತು ನಂತರ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ DNA ಮರುಪಡೆಯುವುದು ಹಾಗೂ ಕ್ಲೋನಿಂಗ್ ಮಾಡುವುದನ್ನು ತೋರಿಸಿತು. ಇದೇ ಪೂರೈಕೆದಾರರ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನ IBI Scientific ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಉತ್ಪನ್ನ ಪುಟದಲ್ಲಿಯೂ ಇದೆ; ಅಲ್ಲಿ 0.04 percent ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ವಿಧಾನ ಮತ್ತು ತ್ವರಿತ ಜೆಲ್ ವಿಧಾನವನ್ನು ಪಕ್ಕಪಕ್ಕದಲ್ಲಿ ನೀಡಲಾಗಿದೆ.

ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನ:

1. ಎಂದಿನಂತೆ ಜೆಲ್ ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೊರೆಸಿಸ್ ನಡೆಸಿ. ಮಾರ್ಪಡಿಸಿದ ವಿಧಾನದಲ್ಲಿ ವರ್ಗಾವಣೆ ಅಥವಾ ಬೇರ್ಪಡಿಸುವ ಸಾಮರ್ಥ್ಯವನ್ನು ದೃಢೀಕರಿಸದಿದ್ದರೆ, ಎಲೆಕ್ಟ್ರೋಫೊರೆಸಿಸ್ ನಡೆಯುವಾಗ ಅಲ್ಲ, ಅದರ ನಂತರ ರಂಜಿಸಿ.
2. ಡಿಸ್ಟಿಲ್ಡ್ ನೀರಿನಲ್ಲಿರುವ 0.02 percent w/v ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂನಲ್ಲಿ ಮುಳುಗಿಸಿ, ಮೃದುವಾಗಿ ಅಲುಗಾಡಿಸುತ್ತಾ ಸುಮಾರು 15 ನಿಮಿಷ ಇರಿಸಿ.
3. ಮಾಧ್ಯಮದ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಬಣ್ಣ ಕಡಿಮೆಯಾಗಿ ಪಟ್ಟಿಗಳು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗುವವರೆಗೆ, ಒಟ್ಟು ಸುಮಾರು 15 ನಿಮಿಷಗಳ ಕಾಲ ನೀರನ್ನು ಹಲವು ಬಾರಿ ಬದಲಾಯಿಸಿ ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಿ.
4. ಬಿಳಿ ಬೆಳಕಿನ ಪ್ರಕಾಶಕದ ಮೇಲೆ ತಕ್ಷಣ ಛಾಯಾಚಿತ್ರ ತೆಗೆಯಿರಿ.

ಅಗರೋಸ್ ಮತ್ತು ಪಾಲಿಅಕ್ರಿಲಮೈಡ್ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವರ್ತಿಸುತ್ತವೆ. ಅಗರೋಸ್ ತನ್ನ ಮಾಧ್ಯಮದಲ್ಲಿ ರಂಜಕವನ್ನು ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳುವುದರಿಂದ, ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವುದು ನಿಧಾನವಾದ ಹಂತ. ತೆಳುವಾದ ಪಾಲಿಅಕ್ರಿಲಮೈಡ್ ಜೆಲ್‌ಗಳು ಬೇಗ ರಂಜಿತವಾಗುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ರಂಜಕವನ್ನೂ ಬೇಗ ಕಳೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ. ಇದು ಸಿದ್ಧತಾ ಉದ್ದೇಶಕ್ಕಾಗಿ ಪಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಿ ತೆಗೆಯಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ, ಆದರೆ ದೀರ್ಘಕಾಲದ ದಾಖಲೆಗಳಿಗೆ ತೊಂದರೆ ಉಂಟುಮಾಡುತ್ತದೆ. ಸ್ಥಾಪಿತ Current Protocols ಶೈಲಿಯ PAGE ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸಿ, ಪಾಲಿಅಕ್ರಿಲಮೈಡ್‌ನಲ್ಲಿರುವ ಸಂಶ್ಲೇಷಿತ ಆಲಿಗೋನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೋಟೈಡ್‌ಗಳನ್ನು ಇದೇ 0.02 percent ವಿಧಾನದಿಂದ, ಪದೇಪದೇ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ತೊಳೆಯುತ್ತಾ 20 ರಿಂದ 30 ನಿಮಿಷಗಳಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಬಹುದು. ಸಿದ್ಧತಾ ಉದ್ದೇಶದ ಆಲಿಗೋಗಳಿಗೆ, ದುರ್ಬಲ TBE ಯಲ್ಲಿ ಸುಮಾರು 0.0002 percent ಇರುವ ಅತಿ ದುರ್ಬಲ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಹಲವು ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ ಬಳಸಿರುವ ವರದಿಗಳಿವೆ; ಆದರೆ ಅವುಗಳಿಗೆ ಇರುವ ಸಾಕ್ಷ್ಯಾಧಾರ ಕಡಿಮೆ.

DNA ಮತ್ತು RNA ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸ ಮುಖ್ಯ. ದ್ವಿತಂತು DNA ಅತ್ಯಂತ ಬಲವಾದ ರಚನಾತ್ಮಕ ಬಂಧನವನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. RNA ಮತ್ತು ಏಕತಂತು DNA ರಂಜಿತವಾಗುತ್ತವೆ, ಆದರೆ ಕಡಿಮೆ ತೀವ್ರತೆಯಲ್ಲಿ ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಊಹಿಸಬಹುದಾದ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ. ಫಾರ್ಮಾಲ್ಡಿಹೈಡ್ ಅಗರೋಸ್ RNA ಜೆಲ್‌ಗಳಿಗೆ, ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಯೋಗಾಲಯಗಳು ಜೆಲ್‌ನೊಳಗಿನ ನೀಲಿ ರಂಜನೆಯನ್ನು ಬಿಟ್ಟು, ಮೊದಲು RNA ಯನ್ನು ಮೆಂಬ್ರೇನ್‌ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಿ ಅಲ್ಲಿ ರಂಜಿಸುತ್ತವೆ. ಇದರಿಂದ ದುರ್ಬಲ ಜೆಲ್ ಸಂಕೇತದ ಬದಲಿಗೆ ಹೆಚ್ಚು ಸ್ಪಷ್ಟವಾದ ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಸಂಕೇತ ಮತ್ತು ಮಾದರಿ ತುಂಬಿಕೆಯ ದಾಖಲೆ ದೊರೆಯುತ್ತದೆ.

ಎರಡನೆಯ ಕಾರ್ಯ: ಮೆಂಬ್ರೇನ್‌ಗಳ ಮೇಲೆ ರಂಜನೆ

ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ರಂಜನೆ ಬೇರೆ ಪ್ರಶ್ನೆಗೆ ಉತ್ತರಿಸುತ್ತದೆ: ವರ್ಗಾವಣೆ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿದೆಯೇ ಮತ್ತು ಲೇನ್‌ಗಳನ್ನು ಪರಸ್ಪರ ಹೋಲಿಸಬಹುದೇ? ಇದರ ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ ಅನ್ವಯ Herrin ಮತ್ತು Schmidt ಅವರ ಹಿಂತಿರುಗಿಸಬಹುದಾದ ನಾರ್ದರ್ನ್ ಬ್ಲಾಟ್ ರಂಜನೆ. ಮೂಲ ವಿಧಾನದಲ್ಲಿ pH 5.0 ಇರುವ 50 mM ಸೋಡಿಯಂ ಅಸಿಟೇಟ್‌ನಲ್ಲಿ 0.04 percent ರಂಜಕವನ್ನು 2 ರಿಂದ 3 ನಿಮಿಷ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು, ನಂತರ ನೀರಿನಲ್ಲಿ ತೊಳೆಯಲಾಗುತ್ತಿತ್ತು. ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್‌ಗೆ ಮುನ್ನ SSPE ಯಲ್ಲಿನ ದುರ್ಬಲ SDS ಮೂಲಕ ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಬಹುದಾಗಿತ್ತು.

ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸುವ ಆಧುನಿಕ ರೂಪಾಂತರ ಹೀಗಿದೆ:

1. RNA ಅಥವಾ ವಿಕೃತೀಕರಿಸಿದ DNA ಯನ್ನು ನೈಲಾನ್ ಅಥವಾ ನೈಟ್ರೋಸೆಲ್ಯುಲೋಸ್‌ಗೆ ವರ್ಗಾಯಿಸಿ. ನಂತರ ರಂಜನೆಯ ವೇಳೆ ಮಾದರಿ ಕಳೆದುಹೋಗದಂತೆ UV ಕ್ರಾಸ್‌ಲಿಂಕಿಂಗ್ ಅಥವಾ ಬೇಯಿಸುವಿಕೆಯ ಮೂಲಕ ಸ್ಥಿರೀಕರಿಸಿ.
2. ಐಚ್ಛಿಕವಾದರೂ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಮಾಡುವ ಹಂತ: ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಅನ್ನು 5 percent ಅಸಿಟಿಕ್ ಆಮ್ಲದಲ್ಲಿ ಸುಮಾರು 15 ನಿಮಿಷ ನೆನೆಸಿ.
3. ಸುಮಾರು pH 5.2 ಇರುವ 0.3 ರಿಂದ 0.5 M ಸೋಡಿಯಂ ಅಸಿಟೇಟ್‌ನಲ್ಲಿನ 0.02 ರಿಂದ 0.04 percent ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂನಲ್ಲಿ 5 ರಿಂದ 10 ನಿಮಿಷ ರಂಜಿಸಿ.
4. ನೀರಿನಲ್ಲಿ ತೊಳೆದು 5 ರಿಂದ 15 ನಿಮಿಷ ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಿ, ದಾಖಲಿಸಿ, ನಂತರ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್‌ಗೆ ಮುನ್ನ ಉಳಿದ ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಿ.

ನಾರ್ದರ್ನ್ ಕಾರ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಧನ ವಿದ್ಯುದಾವೇಶದ ನೈಲಾನ್ ಹೆಚ್ಚು ಬಳಕೆಯಲ್ಲಿದೆ. ಇದೇ ಅಸಿಟಿಕ್ ಆಮ್ಲ ಮತ್ತು ಅಸಿಟೇಟ್ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನದೊಂದಿಗೆ ನೈಟ್ರೋಸೆಲ್ಯುಲೋಸ್ ಕೂಡ ಕೆಲಸ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಚಿತ್ರವನ್ನು ವರ್ಗಾವಣೆ ದೃಢೀಕರಿಸಲು, 28S ಮತ್ತು 18S ಪಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸಲು (ಅಥವಾ ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾ RNA ಗೆ 23S ಮತ್ತು 16S), ಲ್ಯಾಡರ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಮಾನದಂಡಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಹಾಗೂ ಒಟ್ಟು RNA ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣದ ಅಂದಾಜು ದಾಖಲೆ ಉಳಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಪ್ರಕಟಿತ ನಾರ್ದರ್ನ್ ವಿಧಾನಗಳು ಮಾದರಿ ತುಂಬಿಕೆಯ ಪರಿಶೀಲನೆಗಾಗಿ ರಂಜಿತ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಪಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ಅಳೆಯುತ್ತವೆ. ಇದರಲ್ಲಿ ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣಕ್ಕಾಗಿ ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ಪಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ಬಳಸಿದ ಹೈನುಗಾರಿಕಾ ವಿಜ್ಞಾನದ ಅಧ್ಯಯನವೂ ಸೇರಿದೆ. ಸದರ್ನ್ ಮೆಂಬ್ರೇನ್‌ಗಳನ್ನೂ ಇದೇ ರೀತಿಯಲ್ಲಿ ನೋಡಬಹುದು. ಆದರೆ ಈ ರಂಜಕವು ನಾರ್ದರ್ನ್ ಮಾದರಿ ತುಂಬಿಕೆ ಮತ್ತು ವರ್ಗಾವಣೆಯ ಪರಿಶೀಲನೆಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಸ್ಥಾಪಿತವಾಗಿದೆ. ಸದರ್ನ್ DNA ಯನ್ನು ವರ್ಗಾವಣೆಗೆ ಮುನ್ನ ವಿಕೃತೀಕರಿಸುವುದರಿಂದ, ಜೆಲ್ ಸಂವೇದನಾಶೀಲತೆಯ ಅಂಕಿಅಂಶಗಳನ್ನು ಅದಕ್ಕೆ ನೇರವಾಗಿ ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗುವುದಿಲ್ಲ.

ಪತ್ತೆ ಮಿತಿಗಳು ಮತ್ತು ಹಿನ್ನೆಲೆ: ನೀಲಿ ರಂಜಕ ಎಲ್ಲಿ ಹಿಂದುಳಿಯುತ್ತದೆ

ಕೆಳಗಿನ ಹೋಲಿಕೆಯನ್ನು ಉದ್ದೇಶಪೂರ್ವಕವಾಗಿ ಅಂದಾಜಿನ ರೂಪದಲ್ಲಿ ನೀಡಲಾಗಿದೆ. ರಂಜಕದ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆ ಜೆಲ್ ಶೇಕಡಾವಾರು, ಪಟ್ಟಿಯ ಅಗಲ, ಬೆಳಕು ವ್ಯವಸ್ಥೆ ಮತ್ತು ರಂಜಕ ತೆಗೆಯುವ ಕ್ರಮಬದ್ಧತೆಯನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿರುತ್ತದೆ. ಪ್ರತಿ ಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು ನಿಖರ ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯಾಗಿ ಅಲ್ಲ, ಪ್ರಮಾಣಕ್ರಮದ ಅಂದಾಜಾಗಿ ಪರಿಗಣಿಸಿ.

ಈ ಸಾಧಾರಣ ಸಂಕೇತವು ಉಪಯುಕ್ತವಾಗುತ್ತದೆಯೇ ಎಂಬುದನ್ನು ಹಿನ್ನೆಲೆ ನಿಯಂತ್ರಣ ನಿರ್ಧರಿಸುತ್ತದೆ. ಮುಕ್ತ ರಂಜಕಕ್ಕೆ ತೀವ್ರ ಬಣ್ಣವಿರುವುದರಿಂದ, ಬಂಧಿತ ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕದೆ ಬಂಧಿಸದ ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕುವುದರಿಂದ ವ್ಯತಿರಿಕ್ತತೆ ದೊರೆಯುತ್ತದೆ. ಹೆಚ್ಚು ಸಾಂದ್ರವಾದ ರಂಜಕವು ಸಂವೇದನಾಶೀಲತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವುದು ಅಪರೂಪ. ಮುಖ್ಯವಾಗಿ ಅದು ರಂಜಕ ತೆಗೆಯುವ ಸಮಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ. ಬಳಸುವ ಅದೇ ಜೆಲ್, ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಮತ್ತು ಕ್ಯಾಮೆರಾದಲ್ಲಿ ದ್ರವೀಕರಣ ಸರಣಿಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಿ; ಸಮಾಕಲಿತ ಸಾಂದ್ರತೆಯು ಮಾದರಿಯ ಪ್ರಮಾಣಕ್ಕೆ ಅನುಪಾತದಲ್ಲಿರುವ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯನ್ನು ಮಾತ್ರ ಬಳಸಿ. ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಅರೆಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಮಾದರಿ ತುಂಬಿಕೆ ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಣಕ್ಕೆ ನೆರವಾಗುತ್ತದೆ. ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಸಾಮರ್ಥ್ಯ, ವರ್ಗಾವಣೆ ದಕ್ಷತೆ, ಪರಿಪೂರ್ಣತೆ ಮತ್ತು ರಂಜಕ ತೆಗೆಯುವಿಕೆ ಲೇನ್‌ನಿಂದ ಲೇನ್‌ಗೆ ಬದಲಾಗುವುದರಿಂದ, ಇದು ಹೆಚ್ಚಿನ ಗತಿಶೀಲ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಪರೀಕ್ಷೆಯಲ್ಲ.

ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯ ಮಿತಿಗಳು: ರಂಜನೆಯ ನಂತರ ಯಾವ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳು ಸಾಧ್ಯ

ನೀಲಿ ರಂಜನೆಯ ನಂತರ ಕ್ಲೋನಿಂಗ್ ಸಾಧ್ಯವೆಂದು ತೋರಿಸಲಾಗಿದೆ. Flores ಮತ್ತು ಸಹೋದ್ಯೋಗಿಗಳು ರಂಜಿತ ಅಗರೋಸ್ ಪಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಿ ತೆಗೆದು, DNA ಯನ್ನು ಮರುಪಡೆದು, ಅದನ್ನು ಲಿಗೇಟ್ ಮಾಡಿ ಕೋಶಗಳಿಗೆ ಸೇರಿಸಿದರು. UV ಜೊತೆಗೆ ಎಥಿಡಿಯಮ್ ಬ್ರೋಮೈಡ್ ಬಳಸಿದ ನಂತರದ ಕ್ಲೋನಿಂಗ್‌ಗಿಂತ ಉತ್ತಮ ಫಲಿತಾಂಶವನ್ನು ವರದಿ ಮಾಡಿದರು. ಇದಕ್ಕೆ ಸಂಭವನೀಯ ಕಾರಣ ಕಡಿಮೆ ಬೆಳಕು-ಹಾನಿ; ರಂಜಕದಿಂದಲೇ ದೊರೆಯುವ ಪ್ರಯೋಜನವಲ್ಲ. ಬಿಳಿ ಬೆಳಕಿಗೆ ಒಡ್ಡುವ ಸಮಯವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಇಡಿ ಮತ್ತು ಮರುಪಡೆದ DNA ಯನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯ ಜೆಲ್ ಎಕ್ಸ್‌ಟ್ರಾಕ್ಷನ್ ಶುದ್ಧೀಕರಣಕ್ಕೆ ಒಳಪಡಿಸಿ.

PCR ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್‌ಗೆ ಇರುವ ಸಾಕ್ಷ್ಯಾಧಾರ ಕಡಿಮೆ. ಉಳಿದ ರಂಜಕವು ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳಿಗೆ ಬಂಧಿಸುವುದರಿಂದ, ಕಿಣ್ವಾಧಾರಿತ ಹಂತಗಳಿಗೆ ಮುನ್ನ ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಿ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿ. ನೀಲಿ ಜೆಲ್‌ನಿಂದ ಸರಿಯಾಗಿ ಶುದ್ಧೀಕರಿಸಿದ DNA ಕೆಲಸ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಎಂದು ನಿರೀಕ್ಷಿಸಬಹುದು. ಆದರೆ ಉಳಿದ ರಂಜಕ ನೇರವಾಗಿ ಮುಂದಿನ ಹಂತಕ್ಕೆ ಸಾಗಿದಾಗ, ವಿವಿಧ ಪಾಲಿಮರೇಸ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ರಸಾಯನ ವಿಧಾನಗಳು ಎಷ್ಟು ಸಹಿಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತವೆ ಎಂಬುದು ಸರಿಯಾಗಿ ಅಳೆಯಲ್ಪಟ್ಟಿಲ್ಲ. ಅದನ್ನು ಊಹಿಸಬೇಡಿ.

ಕ್ರಮವನ್ನು ಕಟ್ಟುನಿಟ್ಟಾಗಿ ಪಾಲಿಸಿದಾಗ ಬ್ಲಾಟ್ ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾಗುತ್ತದೆ: ವರ್ಗಾವಣೆ, ಸ್ಥಿರೀಕರಣ, ರಂಜನೆ, ದಾಖಲಿಸುವಿಕೆ, ರಂಜಕ ತೆಗೆಯುವಿಕೆ, ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್. ಈ ಕ್ರಮವೇ Herrin ಮತ್ತು Schmidt ಅವರ ವಿನ್ಯಾಸ. ವರ್ಗಾವಣೆಗೆ ಮುನ್ನ ರಂಜಿಸುವುದು ಅಥವಾ ರಂಜಕ ತೆಗೆಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಬಿಟ್ಟುಬಿಡುವುದು ಬೇರೆ ವಿಧಾನ; ಅದಕ್ಕೆ ಪ್ರತ್ಯೇಕ ದೃಢೀಕರಣ ಅಗತ್ಯ. ರಂಜಕವನ್ನು ತೆಗೆದ ನಂತರ, ಪ್ರಮಾಣಿತ ಪ್ರೋಬ್ ತೆಗೆಯುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಮರುಪ್ರೋಬಿಂಗ್ ಎಂದಿನಂತೆ ಮುಂದುವರಿಯುತ್ತವೆ. ಇದೇ ರಂಜಕ ಕುಟುಂಬದಿಂದ ಕೋಶಮಟ್ಟದ ರಂಜನೆ ಮಾಡುವ ಕುರಿತು ಮತ್ತು ಸ್ಥಿರೀಕರಿಸಿದ ತೆಳು ಪದರದ ವಿಧಾನವು ಜೀವಂತ ಕೋಶ ವಿಧಾನಗಳಿಗೆ ಏಕೆ ಅನ್ವಯಿಸುವುದಿಲ್ಲ ಎಂಬುದಕ್ಕಾಗಿ, ಸೂಕ್ಷ್ಮದರ್ಶಕ ರಂಜನಾ ಅಟ್ಲಸ್ ಅನ್ನು ನೋಡಿ.

ಶಾಶ್ವತ ಸ್ಥಿರೀಕರಣ ವಿಧಾನವನ್ನು ತಪ್ಪಿಸಿದರೆ, ಸಿದ್ಧತಾ ಅಗರೋಸ್ ಮತ್ತು ನೀಲಿ ರಂಜಕದಿಂದ ಗುರುತಿಸಿದ PAGE ಆಲಿಗೋಗಳಿಗೆ ಪಟ್ಟಿಗಳನ್ನು ಕತ್ತರಿಸಿ ತೆಗೆಯುವಿಕೆ ಕೆಲಸ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಹಿಂತಿರುಗಿಸಬಹುದಾದ ಬಂಧಕಕ್ಕೆ, ರಂಜಕ ತೆಗೆದ ನಂತರ ವಿದ್ಯುತ್ ಸಹಾಯದಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ ರಾಸಾಯನಿಕವಾಗಿ ಸಾಧ್ಯವೆನಿಸುತ್ತದೆ. ಆದರೆ ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂಗೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾದ ನಿಯಂತ್ರಿತ ಮರುಪಡೆಯುವಿಕೆ ಪ್ರಮಾಣದ ಮಾಹಿತಿಯು ವಿರಳವಾಗಿದೆ. ಹೊರತೆಗೆದ ನಂತರ ಲವಣಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಹಾಕಿ ಅಥವಾ ಅವಕ್ಷೇಪಿಸಿ.

ಮರುಕಳಿಸುವ ವೈಫಲ್ಯಗಳು

ಮಸುಕಾದ ಜೆಲ್ ಪಟ್ಟಿಗಳು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ವರ್ಣಮಿತೀಯ ರಂಜಕಕ್ಕೆ ಸಾಲದಷ್ಟು ಕಡಿಮೆ ದ್ರವ್ಯರಾಶಿ ಇರುವುದನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ, ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಚಿಕ್ಕ ಏಕತಂತು ಅಥವಾ RNA ಗುರಿಗಳಿಗೆ. ಹೆಚ್ಚು ಮಾದರಿ ತುಂಬಿ, ತಾಜಾ ರಂಜಕ ಬಳಸಿ, ಸಾಂದ್ರತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವ ಮೊದಲು ರಂಜನೆಯ ಸಮಯವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸಿ ಮತ್ತು ರಂಜಕ ತೆಗೆಯುವಿಕೆಯನ್ನು ಬೇಗ ನಿಲ್ಲಿಸಿ. ವ್ಯತಿರಿಕ್ತತೆ ಇಲ್ಲದೆ ಸಂಪೂರ್ಣ ನೀಲಿಯಾಗಿರುವ ಜೆಲ್ ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಅತಿರಂಜನೆ ಅಥವಾ ನೀರನ್ನು ಸಾಕಷ್ಟು ಬಾರಿ ಬದಲಾಯಿಸದಿರುವುದನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. PAGE ಪಟ್ಟಿಗಳು ಮಸುಕಾಗುವುದು ನಿರೀಕ್ಷಿತ ರಸಾಯನಿಕ ವರ್ತನೆ; ಅದು ರಂಜನೆಯ ವೈಫಲ್ಯವಲ್ಲ. ಬೇಗ ಛಾಯಾಚಿತ್ರ ತೆಗೆಯಿರಿ. ಅಸಮವಾದ ಮೆಂಬ್ರೇನ್ ಹಿನ್ನೆಲೆ ಮಡಿಕೆಗಳು, ಗುಳ್ಳೆಗಳು, ಬೆರಳಚ್ಚುಗಳು, ಅಸಮ ಅಲುಗಾಡಿಸುವಿಕೆ ಅಥವಾ ತೇಪೆತೇಪೆಯ ವರ್ಗಾವಣೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಹೈಬ್ರಿಡೈಸೇಶನ್ ನಿಯಂತ್ರಣವಿಲ್ಲದೆ ಅದನ್ನು ಅಸಮಾನ ಮಾದರಿ ತುಂಬಿಕೆ ಎಂದು ಅರ್ಥೈಸಬೇಡಿ. ಹರಡಿದ, ದುರ್ಬಲ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ ವಿನ್ಯಾಸವು ವಿಘಟನೆಯನ್ನು ಸೂಚಿಸಬಹುದು. ಆದರೆ ಅಪೂರ್ಣ ವರ್ಗಾವಣೆ, ಅತಿ ಕಡಿಮೆ ಒಟ್ಟು RNA (ಸಾಮಾನ್ಯ ಲೇನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಕೆಲವು micrograms ರಿಂದ ಹತ್ತಾರು micrograms ಇರುತ್ತವೆ) ಅಥವಾ ಅತಿಯಾದ ರಂಜಕ ತೆಗೆಯುವಿಕೆಯೂ ಕಾರಣವಾಗಬಹುದು. ರಂಜಕವು ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿರುವ ರೈಬೋಸೋಮಲ್ RNA ಯನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಅದು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್ ಅನ್ನು ಸೂಚಿಸುವುದಿಲ್ಲ. ಆ ಕೆಲಸ ಪ್ರೋಬ್‌ನದು.

ಅತಿಶಯೋಕ್ತಿಯಿಲ್ಲದ ಸುರಕ್ಷತೆ ಮತ್ತು ನಿರ್ವಹಣೆ

ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ ಅನ್ನು ಎಥಿಡಿಯಮ್ ಬ್ರೋಮೈಡ್‌ಗಿಂತ ಸುಲಭವಾಗಿ ನಿರ್ವಹಿಸಬಹುದು, ಆದರೆ ಅದು ನಿರಪಾಯವಲ್ಲ. ಪ್ರಸ್ತುತ MilliporeSigma ಸುರಕ್ಷತಾ ದತ್ತಾಂಶ ಪತ್ರವು ಈ ರಂಜಕವನ್ನು ತೀವ್ರ ಮೌಖಿಕ ವಿಷಕಾರಿತ್ವದ Category 4 ಎಂದು ವರ್ಗೀಕರಿಸುತ್ತದೆ; ನುಂಗಿದರೆ ಹಾನಿಕಾರಕ ಎಂದು ತಿಳಿಸುತ್ತದೆ. Sigma-Aldrich ಮೆಥಿಲೀನ್ ಬ್ಲೂ SDS ಪ್ರಕಾರ ಅನುಮೋದಿತ ತ್ಯಾಜ್ಯ ವಿಲೇವಾರಿ ಮಾರ್ಗದ ಮೂಲಕ ವಿಲೇವಾರಿ ಮಾಡಬೇಕು. ಎಥಿಡಿಯಮ್ ಬ್ರೋಮೈಡ್‌ಗೆ ಹೆಚ್ಚು ತೀವ್ರವಾದ ಆನುವಂಶಿಕ ವಿಷಕಾರಿತ್ವದ ಎಚ್ಚರಿಕೆಗಳಿವೆ. ಅದರ Sigma-Aldrich ಎಥಿಡಿಯಮ್ ಬ್ರೋಮೈಡ್ SDS ನಲ್ಲಿ ಜನನಕೋಶಗಳ ಮೇಲೆ ಶಂಕಿತ ಪರಿಣಾಮಗಳ ಎಚ್ಚರಿಕೆಯೂ ಇದೆ. Thermo Fisher ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲ ರಂಜಕ ಮಾರ್ಗದರ್ಶಿಯಲ್ಲಿ ತಿಳಿಸಿದಂತೆ, ಅದರ ಜೆಲ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ದ್ರಾವಣಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಅಪಾಯಕಾರಿ ರಾಸಾಯನಿಕ ತ್ಯಾಜ್ಯವಾಗಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ. ಎರಡಕ್ಕೂ SDS ಮತ್ತು ಸಂಸ್ಥೆಯ ನಿಯಮಗಳನ್ನು ಪಾಲಿಸಿ. ಒಣ ರಂಜಕವನ್ನು ಬಿಗಿಯಾಗಿ ಮುಚ್ಚಿ ಒಣವಾಗಿರಿಸಿ, ಕಾರ್ಯವಿಧಾನ ಅನುಮತಿಸಿದಷ್ಟೇ ಬಳಸುತ್ತಿರುವ ರಂಜಕವನ್ನು ಮರುಬಳಸಿ, ರಂಜಿತ ಮೆಂಬ್ರೇನ್‌ಗಳನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಹಾಳೆಗಳ ನಡುವೆ ಒಣವಾಗಿ ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ ಮತ್ತು ಪಟ್ಟಿಗಳು ವಿಸರಣೆಯಿಂದ ಹರಡುವ ಮೊದಲು ಜೆಲ್‌ಗಳ ಛಾಯಾಚಿತ್ರ ತೆಗೆಯಿರಿ.

ಪ್ರಯೋಗಮೇಜಿನ ಈ ಸಾರಾಂಶವನ್ನು ನೆನಪಿಡಿ. ಜೆಲ್‌ಗಳು ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾದರಿ ಪ್ರಮಾಣದಲ್ಲಿ ಬಿಳಿ ಬೆಳಕಿನಡಿ ಗೋಚರತೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸುತ್ತವೆ. ಪ್ರೋಬ್ ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಪತ್ತೆಯ ಕೆಲಸ ಮಾಡುವ ಮೊದಲು, ಮೆಂಬ್ರೇನ್‌ಗಳು ವರ್ಗಾವಣೆ ಮತ್ತು ಮಾದರಿ ತುಂಬಿಕೆಯನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸುತ್ತವೆ. ಸಾಧಾರಣ ಸಂವೇದನಾಶೀಲತೆ, ಹಿಂತಿರುಗಿಸಬಹುದಾದ ಬಂಧನ ಮತ್ತು ಕಟ್ಟುನಿಟ್ಟಾದ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ಒಂದೇ ರಂಜಕವು ಎರಡಕ್ಕೂ ಸೇವೆ ಸಲ್ಲಿಸುತ್ತದೆ.